草帽一伙为了夺回娜美和梅利号而来到可可西亚村。在击败阿龙一伙后，娜美正式加入草帽一伙，草帽一伙乘坐梅利号从可可西亚村出发开始了航行。娜美为梅利号增添了三棵橘树。

草帽一伙登陆罗格镇后，巴基海贼团的摩奇企图焚烧掉停靠在西面港口的梅利号。但由于突降暴雨，摩奇始终点不起火。随后，乌索普发现了摩奇的行径并阻止了他。

草帽一伙离开罗格镇后，在梅利号上为各自航行的梦想进行了宣誓，随后在暴风雨中驶向伟大航路。

到达伟大航路的入口双子岬后，草帽一伙遇到了等待同伴归来的鲸鱼拉布，梅利号的船头撞在了拉布而身上而断开，路飞为此攻击拉布，结果梅利号被拉布吞进了肚子。在拉布肚子里，草帽一伙通过克罗卡斯得知了拉布的故事。从拉布肚子里出来后，路飞折断了梅利号的桅杆与拉布进行了“约定之战”，决定完成航行后回来与拉布继续战斗。

船头修复好后，乌索普修补了桅杆，娜美获赠永久指针，草帽一伙在永久指针的指引下乘坐梅利号进入伟大航路。

进入伟大航路后，草帽一伙带着Mr.9、Ms.星期三（奈菲鲁塔丽·薇薇）来到了威士忌山峰，梅利号停泊在港口。薇薇的身份暴露后，草帽一伙带着薇薇和黑鸭回到了梅利号。此时，Ms.全周日（妮古·罗宾）出现在梅利号上，将指向阿拉巴斯坦的永久指针交给了路飞，路飞表示梅利号的前行方向不需要别人决定，捏碎了这个永久指针。

妮古·罗宾离开后，草帽一伙顺着永久指针的方向乘坐梅利号来到了太古之岛（小花园）。在击败了巴洛克工作室的追兵后，巨人东利和布洛基使用“霸国”贯穿食岛怪，护送草帽一伙离开了小花园。

离开小花园后，娜美突然病倒。在躲避了龙卷风后，草帽一伙遇到了以瓦波尔为首的白铁海贼团，瓦波尔想要吃掉梅利号，结果被路飞打飞。白铁海贼团离开后，乌索普修补了梅利号被“吃”掉的部分，随后一行人来到了铁桶岛寻求医生为娜美治病。罗罗诺亚·索隆和黑鸭留了下来看守梅利号，其余人员登陆铁桶岛。然而，索隆却为了冬泳而离开了梅利号。最后，娜美的病被治好，托尼托尼·乔巴加入了草帽一伙，草帽一伙乘坐梅利号驶向了阿拉巴斯坦王国所在的圣丁岛。

到达阿拉巴斯坦后，草帽一伙把梅利号停靠在了港口城市油菜花，上岸准备穿行沙漠的物资。草帽一伙偶遇了路飞的哥哥艾斯，艾斯将生命卡交给路飞后，一行人穿过圣多拉河，来到了阿拉巴斯坦西南边的爱鲁马口岸，停靠好梅利号后登陆了爱鲁马绿洲，前往城市约巴。

克洛克达尔败北后，海军封锁了阿拉巴斯坦的所有港口。本萨姆将梅利号开到了圣多拉河的上游，并通过电话虫通知草帽一伙取船。草帽一伙抵达之后，本萨姆向他们表明了自己的用意，希望能多一些同伴一起冲出海军的包围。随后，本萨姆回到了快速天鹅号与草帽一伙一起出逃。途中，他们被海军上校日奈的黑槛部队包围，梅利号被日内用槛槛果实能力重创。最后，本萨姆牺牲自己让草帽一伙逃出了海军的包围。

草帽一伙乘坐梅利号来到了阿拉巴斯坦的东港塔马利斯克，在与薇薇、黑鸭告别后出航离开了阿拉巴斯坦。离开阿拉巴斯坦后，妮古·罗宾偷偷出现在梅利号上，在路飞的同意下加入了草帽一伙。

草帽一伙在航行途中遇到了一艘从天而降的大船，同时记录指针竟然向上指向天空。路飞通过罗宾得知了空岛的存在，决议要前往此处。随后，路飞在掉落的船只残骸上发现了空岛的地图，为了知道如何去空岛，与索隆、山治潜入海里打捞这艘船。突然，以人猿为首的人猿海贼团出现在梅利号后面，人猿为了打捞大船也潜入了海底。大船即将被打捞出来时被一只巨型海龟吞入口中，此时天空中出现了巨大的人影，受到惊吓得海龟将路飞等人吐到了梅利号上，草帽一伙惊慌地将梅利号驶出了这片海域。

踢走人猿后，草帽一伙乘坐梅利号来到了加亚岛。部分成员为了打听有关空岛的线索登陆岛上的魔谷镇。乌索普留下了修补梅利号，山治吐槽乌索普的技术很差，不如买艘新船，但遭到了乌索普的拒绝。罗宾打听到空岛的情报后，草帽一伙前往加亚岛东北岸寻找蒙布朗·库利凯特，途中遇到了以猩猩为首猩猩海贼团。猩猩为了给兄弟人猿报仇通过音波攻击对梅利号造成了严重的破坏。

经过简单修补后，草帽一伙乘坐梅利号找到了库利凯特的居住地。草帽一伙救下生病倒下的库利凯特后，猩猩和人猿赶来，他们对草帽一伙表示了感谢。猿山联合军决定帮助草帽一伙飞上空岛，对梅利号进行了加固改造，将“羊头”加上了公鸡的元素，还加上了一对翅膀，以承受冲天海流的爆发力。

草帽一伙乘坐梅利号顺着冲天海流垂直朝上行驶，到达了海拔7000米的白海，而翅膀则在冲出云霄时折断。甘·福尔阻止了企图摧毁梅利号的瓦帕后，草帽一伙乘坐梅利号到达了“天国之门”，监视官亚马逊向草帽一伙索要高额的入境费，娜美询问没有钱能否通行，亚马逊表示可以。随即，一只特快虾夹住梅利号，将草帽一伙带到了位于海拔一万米的白白海的神之国“空中圣地”，而草帽一伙却被冠上了“非法入境”的罪名。

空中圣地的神兵要求草帽一伙缴纳十倍入境费作为罚金，草帽一伙拒绝后攻击了神兵。为了惩罚草帽一伙，一只超特快虾将载着索隆、娜美、乔巴、罗宾的梅利号带到了位于神之岛东北面的“活祭品祭坛”。

索隆击败了企图吃掉他们的天空鲨鱼后，与娜美、罗宾一同前去探索森林，留下乔巴独自看守梅利号，等待同伴。随后，四神官之一的修罗来到梅利号，烧断了桅杆，并船只照成了巨大的破坏。乔巴吹响了此前甘·福尔交给他们的口哨，甘·福尔随即赶来阻止了修罗。可惜甘·福尔在与修罗的战斗中败下阵来，而修罗则因为山迪亚人的行动而离开。

不久之后，草帽一伙在活祭品祭坛聚集，晚上休息时，乌索普发现了一个神秘的人影在修复梅利号。翌日清晨，梅利号已经被修好了，而且猿山联合军加上的公鸡特征也消失不见了。乌索普将晚上的所见所闻告诉给了其他人。娜美、乌索普、山治作为撤退组乘着梅利号往神之岛西北海岸的汇合点移动，其他人作为探险组继续探索神之岛。

途中，艾尼路突然出现在梅利号上，他将山治和乌索普轻松击倒，在与甘·福尔道别后离开。娜美和甘·福尔联手击倒了追杀他们的神兵中悟和小悟。甘·福尔离开后，柯妮丝和父亲派葛亚、宠物咻、山迪亚小战士爱莎来到梅利号帮助娜美照顾山治和乌索普。柯妮丝将梅利号停靠在神之岛西北海岸后让咻在此看守。

结束空岛的冒险后，草帽一伙将大量黄金装上梅利号，从云之尽头笔直降落至青海。途中，一只章鱼热气球包裹住了梅利号，草帽一伙得以安全降落。

自从进入了伟大航路，梅利号经历了许多磨难，已经破烂不堪，娜美决定用从空岛得来的财宝来对梅利号进行大修缮。山治提议找一个正式的修理厂，请专业的船匠进行修缮比较稳妥。路飞则决定找一个船匠入伙。

登陆长环岛后，草帽一伙遭到了海军本部大将青雉的袭击，路飞和罗宾遭受重创，草帽一伙在静养了四天后继续航行。出海的第三天早晨，草帽一伙发现了一座灯塔，梅利号在靠近时险些被海上列车冒烟·汤姆号撞飞。灯塔所在处是一个海上移动车站，站长可可罗告诉草帽一伙他们的永久指针指向的岛屿是以造船业起家的水之都，她将水之都的简略地图和介绍信交给了草帽一伙，以便找到阿斯巴古修理梅利号。

抵达水之都后，草帽一伙将梅利号停靠在了岩场海湾。路飞等人进入水之都兑换黄金，山治等人前去购买物资，索隆则留下来看守船只。路飞等人用黄金兑换了3亿贝里现金，将可可罗的介绍信交给了1号船坞的木匠工头卡古。

在对梅利号进行全面检查后，卡古向草帽一伙表示梅利号已经严重受损，连船只的命脉龙骨也损坏得很严重，就算勉强修好也无法航行到下一座岛屿。

路飞以船长的立场决定用兑换的贝里买一艘新船，却发现有2亿贝里不翼而飞。得知是弗兰奇一家从乌索普手从抢走这2亿贝里后，草帽一伙摧毁了弗兰奇一家的据点。回到岩场海湾后，路飞决定在此向梅利号告别。乌索普认为梅利号是他们并肩作战的伙伴，无法接受路飞的决意，准备通过战斗决定梅利号的归属权。乌索普战败后，路飞等人将行李搬出了梅利号，将梅利号交给了乌索普。

在躲避了市民的搜查后，乌索普进城购买了修理梅利号的材料，之后回到岩场海湾开始独自修理梅利号。

弗兰奇为了利用乌索普引出路飞等人而将其抓到了位于一处桥下仓库的秘密基地。弗兰奇在听说了乌索普与伙伴决裂的原因后，为乌索普独守船只的精神感动落泪。经过一番交谈后，弗兰奇确定梅利号已经无法修复，决定拆掉这艘船只。乌索普尽力阻止，弗兰奇将其打入水中让他看清楚了梅利号船底断裂的龙骨。乌索普执意要修复梅利号，对弗兰奇表示自己早就知道梅利号不行了，并将他在空岛所看到的异象告诉了弗兰奇，认为那是梅利号的化身。弗兰奇则表示乌索普看到的是梅丽的船精灵，正是因为受到了草帽一伙的珍惜，梅利号才会化身船精灵竭尽全力把伙伴送到下一个岛屿。随后，CP9突然出现在仓库，在抓走了弗兰奇和乌索普之后，卡古将梅利号抛进了汹涌的大海。

阿斯巴古在水之都的废船岛发现了被海啸阿库阿·拉古纳冲坏的梅利号。阿斯巴古听见了船精灵的声音，它表示还想再航行一次。阿斯巴古全力修复了梅利号后，梅利号顺着大浪出航。

草帽一伙在司法岛遭到海军围堵，迫在眉睫之时，梅利号出现在了踌躇之桥下方。草帽一伙听到了船精灵的声音，它表示自己来接大家一起回去继续冒险。草帽一伙随即跳到了梅利号上。草帽一伙竭尽全力让梅利号逃脱了海军的攻击，最后弗兰奇利用风来炮让梅利号冲出了海军的包围圈。

逃出司法岛后，草帽一伙在海上遇到了卡雷拉公司的船只。而此时，梅利号突然断成了两半。阿斯巴古将梅利号前往司法岛的经过告诉了路飞，表示梅利号就是一个奇迹。路飞做出了最后的决定，以火葬仪式为梅利号送上了最后一程。在即将焚烧殆尽之时，梅利号的船精灵向草帽一伙道歉，表示还想带着大家走得更远，好想很大家继续冒险。路飞表示说对不起的应该是他们，梅利号表示自己很幸福，感谢草帽一伙一直对它这么好。自此，梅利号的生命画上了句号。

备注：前进·梅利号作为“角色”参选

在漫画原作里，梅利号的船头以及船身大部分都是木棕色。而在电视动画以及改编游戏中，梅利的色彩则更加鲜艳，船只结构很多都为白色。船首的羊头除了棕色的羊角外都是白色。但是，在漫画第967话的封面彩页上，梅利号的上色与动画的一致。在真人版电视剧《航海王》中，梅利号的颜色和动画一致，但更为写实。