1949年下半年，部分地区虽陆续开展了剿匪斗争，但到1950年初，全国仍有土匪特务武装约108万人。其中，西南地区约65.5万人，中南地区约28.8万人，华东地区约5.9万人，西北地区约4.2万人，华北地区约3万人。在一段时期内，其数量且不断增加。特别是美国发动侵朝战争和派遣第7舰队侵占中国领土台湾后，这些土匪特务武装活动更为猖獗。其活动方式和斗争手段是：袭击基层人民政权，封锁或占领一些小城镇，控制农村；破坏城乡交通，抢劫物资；杀害地方党政干部和群众，绑架勒索，奸淫妇女，扰乱社会秩序；骚扰和妨碍人民解放军的作战行动，偷袭、抓捕和残杀解放军零星外出人员；制造谣言、蛊惑人心，发展武装，组织暴乱等。据统计，1950年1月至10月，全国共发生妄图颠覆新生政权的武装暴动816起，西南地区曾被匪特攻打，攻陷的县城有100座以上；1950年，全国有近4万名干部和群众积极分子惨遭匪特杀害。中共中央和中央军委对新解放区可能出现的严重匪情早有预见，及时作出了剿灭匪患的决策。1949年3月，毛泽东主席在中共七届二中全会上指出：南方解放后，地方党组织和人民解放军要在乡村中有步骤地开展清剿土匪的斗争。人民解放军渡过长江不久，毛泽东又指出：剿匪是肃清残余反动力量的一个重要部分，又是保障实施各种政治、经济、文化、国防建设的一个先决条件。1949年10月1日，朱德总司令在开国大典上发布的命令中，要求人民解放军全体指战员肃清土匪和其他一切反革命匪徒，镇压他们的一切反抗和捣乱行为。中共中央、中央军委后来还规定了在剿匪中实行“军事打击、政治瓦解、发动群众三者相结合”的方针和“镇压与宽大相结合的政策，即首恶者必办、胁从者不问、立功者受奖的政策”。1949年5月～1953年底，人民解放军遵照中共中央、中央军委的指示和部署，先后共抽调6个兵团部、41个军部、140个师、2个旅另20个团和海军、空军各一部，共150余万人的兵力，在各新解放区执行剿匪作战任务。剿匪作战分为三个阶段进行。第一阶段，各剿匪部队经过周密侦察之后，集中相对优势兵力，选择匪情严重的地区，采取奔袭、合围、追剿等手段，给予大股土匪特务武装以歼灭性打击，使其丧失集中为患的能力。四川省东部涪陵、巴县、南川三角地区（今属重庆，巴县今为巴南区）聚集有股匪8000余人。1950年4～5月，川东军区调集33个连的兵力，以一部在外围构成两道封锁线，主力编为4支清剿部队，形成三道包围圈，逐步向内推进和搜剿，并开展政治攻势，毙伤土匪400余人，俘获3100余人，迫使4200余人投降自新。至1950年底，川东军区肃清了辖区内大股土匪，共毙伤俘土匪和争取土匪投降自新19.3万余人。大别山区名为“鄂豫皖边区人民自卫军”的股匪1.8万余人，活动于以金寨为中心的数十个县。1949年8月，湖北军区指挥第42军第126师和地方部队，在第24军第71师配合下，在外线严密封锁，在内线控制要点，反复合击、追剿，并结合政治攻势，至1950年3月，共毙伤俘土匪和争取土匪投降自新1.5万余人。湖南省西部名为“反共救国军”的股匪有2.3万余人，还建立了土匪政权。1950年10月，湖南军区指挥第47军主力、第136师和地方武装共4万余人进行会剿，至年底，将当地土匪基本歼灭。驻皖浙边的第25军，1949年8月全歼股匪“皖浙边区游击队”。至11月底，该军结合兄弟部队和地方武装，共毙伤俘土匪和争取土匪投降自新4.3万余人，基本摧垮了浙江全省大股土匪特务武装。驻青海的第1军，1949年12月兵分三路，采取分进合击、连续围剿的方式，歼灭3股较大的土匪特务武装共7000余人，平息了西宁周围地区的暴乱。1949年5～7月，平原省军区消灭了安阳、新乡解放时漏网逃窜的国民党第10纵队的300余人、保安队1000余人，以及其他匪特1100余人，并一网打尽了以文宪章为首的“地下军”。大股土匪特务武装被歼灭或击溃后，小股土匪慑于人民解放军的军事威力，不敢公开对抗，乃避开锋芒，缩小目标，分散活动，保存实力。有的窜到各省边远地区，有的流入少数民族地区，利用深山密林、云崖隧洞等自然条件继续顽抗。也有的重整旗鼓，组织暴乱。人民解放军各地剿匪部队遂转入第二阶段作战，实行分区驻剿，加强对面的控制，使分散活动的小股土匪难以集股再起。同时，进一步发动群众，深入开展政治攻势，争取零星股匪投降自新。1951年2月，川西军区调集13个连，后又增加2个营，至4月中旬平息了靖化（今金川）、懋功（今小金）地区“反共联盟军”的暴乱。接着，又以军区部队和县区武装组成186个捕捉队，追捕小股土匪。1951年春季，福建军区实行与邻省联防会剿和各分区之间、各县之间联防会剿的办法，全面展开分兵搜剿小股土匪的斗争，基本清除了边沿地区的匪情。广西瑶山地区曾有股匪2万余人，1951年春季广西军区集中14个团歼其大部，后实行分区包干，在外围和腹地反复驻剿。剿匪部队散发传单50多万份，发动群众监视、揭发、规劝、捕捉，使7000多名土匪悔过自新。还与地方政府密切配合，动员报枪、献枪、缴枪，收缴土匪、恶霸地主的枪支6万余支，不仅武装了民兵，而且消除了股匪再起的条件。1950年8月，陕西军区在友邻部队配合下，对边沿地区小股土匪进行联合清剿，毙伤俘和争取投降自新1000余人，基本肃清了靠近秦岭关中各县的匪患。1950年下半年，察哈尔省军区在重点县、区、村实行联防，建立情报站，省地方武装和广大民兵群众内外包剿，至1951年底，共歼匪特4480余人。经过重点进剿和分区驻剿，土匪特务武装已为数不多，冥顽不化的匪首、特务，或潜入深山密林，或藏进地洞，或逃往邻省、邻县隐伏，也有的勾结恶霸地主伺机进行破坏活动。各地剿匪部队在第三阶段采取的对策主要是和当地人民政府联合组织工作队，把以土地改革为中心的民主改革运动、反霸斗争与肃清残匪结合起来，广泛深入地发动群众检举揭发，使潜藏的散匪丧失赖以生存的社会条件。一旦发现匪情，立即派出搜捕小组或便衣队进行搜捕。在少数民族地区，特别注意了贯彻民族政策，教育和感化少数民族头人与土匪特务划清界限。四川凉山地区的大小头人，在民族政策的感召下，改变两面应付的态度，将所藏匿的匪首、特务40多人主动交出。人民解放军的剿匪作战，至1953年底基本完成，共毙伤俘土匪和争取土匪投降自新270余万人。