功能蛋白有催化蛋白、运输蛋白、免疫蛋白、调节蛋白。大多数酶的本质就是蛋白质，而酶能够作某些生理化学反应的催化剂，所以这部分蛋白就是催化蛋白。血红蛋白就是运输蛋白，它能够携带氧。免疫蛋白有白细胞中的蛋白，还有调节蛋白等，它们中大部分都是以酶的形式存在的，只有少部分以蛋白质形式存在，我们称这一类蛋白质为功能蛋白。