在此之前诺亚一直默默地生活着，直到有一天，上帝说：“我要将所造之人”和走兽并昆虫以及空中的所有飞鸟都从地上毁灭。但是他又舍不得把造物全部毁掉，希望新一代的人和动物能够比较听话，悔过自新，而建立一个理想的世界。在罪孽深重的人群中，只有诺亚在上帝眼前蒙恩。上帝认为他是一个义人，很守本分；他的三个儿子在父亲的严格教育下也没有误入歧途。诺亚也常告诫周围的人们，应该赶快停止作恶，从充满罪恶的生活中摆脱出来。但人们对他的话都不以为然，继续我行我素，一味地作恶享乐。上帝选中了诺亚一家，作为新一代人类的种子保存下来。上帝告诉他们七天之后就要实施毁灭，要他们造一只方舟，分一间一间地造，里外抹上沥青。方舟船体的尺寸长度为450腕尺（古时的一种量度，自肘至中指端，相当于长137.16米、宽（22.86米）高约13.7米），上帝说你家都要进入方舟。凡洁净的畜类，你要带七公七母；不洁净的畜类，你要带一公一母；空中的飞鸟也要带七公七母。这些都可以留种，将来在地上繁殖。2月17日，诺亚600岁生辰，海洋的泉源都裂开了，巨大的水柱从地下喷射而出；天窗都敞开了，大雨日夜不停，降了整整40昼夜。水无处可流，迅速地在地上涨，比最高的山巅都要高。凡是在旱地上靠肺呼吸的动物都死了，只留下方舟里人和动物的种子安然无恙。方舟载着上帝的厚望漂泊在无边无际的汪洋上。上帝要求诺亚建造方舟，并把舟的规格和制造方法传授给诺亚。此后，诺亚雇佣了当世的能工巧匠赶造，方舟，一边劝告世人悔改其行为。一边打造方舟，花了几十年时间终于造成了一只庞大的方舟并用百年传扬正道于世界，并听从上帝的话，把全家八口搬了进去，各种飞禽走兽也一对对赶来，有条不紊地进入方舟。洪水自天而降，一连下了40个昼夜，人群和动植物全部陷入灭顶之灾。除诺亚一家人以外，亚当和夏娃的其他后代都被洪水吞没了，连当时最高的山峰都低于水面。上帝顾念诺亚和方舟中的飞禽走兽，便下令止雨兴风，风吹着水，水势渐渐消退。诺亚方舟停靠在山边。又过了几十天，诺亚打开方舟的窗户，放出一只乌鸦去探听消息，但乌鸦一去不回。诺亚又把一只鸽子放出去，要它去看看地上的水退了没有。由于遍地是水，鸽子找不到落脚之处，又飞回方舟。七天之后，诺亚又把鸽子放出去，黄昏时分，鸽子飞回来了，嘴里衔着橄榄叶，很明显是从树上啄下来的。诺亚由此判断，地上的水已经消退。后世的人们就用鸽子和橄榄枝来象征和平。洪水以后，诺亚开始耕作土地，开辟了一个葡萄园，并种下了第一株葡萄。后来，他又着手酿造葡萄酒。一天，他喝了园中的酒，赤身裸体地醉倒在帐篷里。含看见后，去告诉兄弟闪和雅弗，后两人拿着长袍，倒退着进帐篷背着面给父亲盖上，没有看父亲裸露的身体。诺亚酒醒后，就诅咒含，要神让含的儿子迦南一族做雅弗家族的奴隶。