以杜姓补诸生。康熙二年（1663），纂修《世祖实录》，选取善书之士，杜讷考试第一，赴馆缮录。书成叙劳，授福建福宁州州同，命留直南书房，食六品俸。

康熙十九年（1680），授编修，充日讲起居注官。

康熙二十一年（1682），奏请恢复励姓。康熙帝方阅通鉴纲目，杜讷与学士张英侍，阅竟，杜讷请以御批宣示史馆，下礼部翰林院会议，如所请。

康熙二十七年（1688），迁赞善。

康熙二十九年（1690），迁侍讲，改光禄寺少卿。

康熙三十六年（1697），迁通政司参议。

康熙三十七年（1698），迁太仆寺卿，再迁宗人府府丞。

康熙三十九年（1700），迁左副都御史。疏言：“督抚大吏，朝廷畀以百馀城吏治、数千里民生，责任至重；若讬词镇静，渐成悠忽，不过以期会簿书忝封疆之寄。请敕各督抚年终汇奏若何察吏安民、兴利除弊，以备清览；不实，则治以欺罔之罪：庶时时警勉，不敢优游草率，贻误地方。藩司专掌钱穀，臬司专掌刑名，州县之钱粮有无亏空，定案之爰书有无驳审，详实并列，则藩臬之优劣亦无遁情。”议如所请。又言：“提镇保送将弁，时有骑射甚劣并年老之员，经特旨甄别。典戎要务，首在考察将弁，请敕部将各提镇所属引见不称旨之员，汇册呈览，并定处分。”下诏所司饬行。