每次冒险最多只能够带3个同伴出发，游戏中只能在酒吧改变同伴的排列顺序。

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技能设定

该作的技能系统按照种类主要分为武器技能和职业技能两大类。

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《勇者斗恶龙9》的装备沿用了之前设定，游戏中装备分为武器、防具、饰品，更换装备能够加强战斗中对敌人的伤害，各类装备除了在商店中购买之外，还能通过战斗和区域地图中探索获得。

武器：一种增加攻击力的装备，游戏内部分武器有职业佩戴限制。武器分为棍、棒、剑、斧等。

防具：一种增加防御力的装备，游戏内部分防具有职业佩戴限制。防具分为衣服、锁甲、铠甲、皮盾、铁盾、头盔等。

饰品：一种增加属性的装备，饰品分为戒指、项链等。

游戏中包含多种道具，各类道具可以通过购买、探索等多种方式获得。

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游戏由多个区域地图组成，部分区域地图中包含多个城市、迷宫。玩家进入游戏后可以通过步行前往或者使用奇美拉翅膀、“回城”魔法等。

城市

区域地图由许多不同的城市、村庄组成，如加南帝国城、古比亚纳城、石之镇等，游戏中大部分剧情都在城市中触发。

野外

游戏中由广大的野外地图组成，玩家需要在野外地图中移动才能到达各城市、村庄、迷宫地图。需要注意的是，在野外黑夜时怪物明显比白天要强力。

迷宫

区域地图由许多不同的迷宫组成，如德米尔火山、封印病魔的遗迹、北方洞窟、达玛塔等，各迷宫中层数、怪物种类和等级都不同，部分迷宫中有特殊地形伤害，角色经过时就会损失生命值，需要特别注意，这类特殊地形和普通地形有明显差异。玩家想要快速练级，除了在城外打怪，还能前往各迷宫探险。

商店

游戏里有许多不同的商店，所贩卖的物品视商店种类而定。

道具店：贩卖各类道具。

装备店：贩卖各类装备。

旅馆：回复角色HP、MP。

教堂：保存进度、回复异常状态。

战斗系统

在野外地图或迷宫中移动时，玩家将会和随机遇到的敌人作战。游戏的战斗为第一人称回合制，战斗每一回合开始前，玩家将通过菜单为各个角色下达攻击、发动咒文、使用道具或是逃跑指令。攻击命令的目标以组为单位选择，玩家只能指定角色攻击某一组敌人，而该角色会随机攻击此组敌人中的一个。当玩家击败全部敌人时，会得到金钱、经验值，同时还有一定几率获得怪物掉落的道具。

剧情系统

游戏中玩家将扮演主角在不同的大陆中冒险，体验主角的成长过程。游戏中大部分时间用来和城镇居民对话，并通过搜集信息来知道更多的地点、事件与秘密。玩家需要对这些暗示做下记录以便之后参照。

需要注意的是游戏中有昼夜系统，玩家在白天与黑夜在城镇中见到的人以及对话的台词都各不相同，昼夜转换玩家无法控制，只能随着时间而转换。

游戏模式

该作不具备WIFI连线共同游戏的模式，只有利用NDS自带无线通信才能够进行近距离的通信进行多人游戏。游戏剧情发展到古比亚纳城之后，在露伊达酒店里，和右边柜台的女天使对话即可进行多人游戏。

如果打算联机到其他玩家的世界里，那么就只能主角一人出发。如果是将其他玩家拉到主机中，那么要先将队伍中的同伴寄存起来，空出同伴位置，才能接纳其他玩家进来。如果队伍中只有一个人，那么就能够拉三个玩家过来一起冒险。如果队伍中有2至3个人，那就只能再拉2至1个人进来冒险了。开始多人游戏前，系统会提示记录存档，记录完毕之后NDS的电源指示灯会闪烁，提示NDS正在使用无线通信设施，等待一会儿即可正式开始多人游戏了。开始后，其他的玩家会被传送到之前被选定的玩家的世界里进行冒险，同时得到连线道具。使用这个道具即可停止多人游戏，飞回玩家所在的世界，但是战斗中无法使用。如果主人的机器出现死机、掉线、或者关机的话，其他所有联机的玩家都会强制被传送回去，除了主人之外，其他的玩家在该次多人联机中的所得会保留。如果非主人的机器出现死机、掉线、或者关机的话，那么客人会退出此次游戏，此次冒险一无所获，但其他没出故障的玩家仍然能正常继续多人游戏。出现故障或者关机的玩家，在下次冒险时会在教会里出现。

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《勇者斗恶龙9》的主线剧情非常简洁洗练，堀井雄二认为纯以剧情感动玩家已经不合时宜，开始将突破口转移到新的玩法。游戏也是首部搭载了网络连线功能的正统作，该作的真正卖点在于连线刷图对战，发售后仅三个月便创造了网络连接1.1亿次的吉尼斯世界纪录。该作最终顺利达成了全球销售500万套的预期目标，然而也创下了许多业界绝无仅有的不良先例，不辄为SE经营层对于现实经营环境的妥协之举。（网易评）

《勇者斗恶龙9》登陆携带游戏主机不仅仅是商场博弈的妥协产物，更可以视为SQUARE-ENIX顺应时代潮流的大胆变革举措，而所有这些足以影响到未来业界发展格局的革命动力源泉，正是来自于任天堂NDS取得的辉煌成功。（新浪评）