主分子具有较大的空穴结构，足以将客分子容纳在内，形成分子胶囊（molecule capsule）.

包合物常见的主体分子有环糊精，杯芳烃，杯吡咯，杯咔唑，瓜环葫芦脲，柱芳烃等。

药物作为客分子被包合后，可以达到多种目的，如提高药物稳定性、增加药物溶解度、液体药物粉末化、防止挥发性成分挥发、掩盖不良气味、降低药物的刺激性和不良反应、调节药物溶出速率、提高生物利用度等。

按包合物的构成可分为单分子包合物、多分子包合物和大分子包合物。

按包合物的几何形状可分为管状包合物、笼状包合物和层状包合物。