是北京大学跨院系（所）的日本综合性研究机构。其宗旨是，加强和促进北京大学日本研究；推进中国日本研究的发展，增进中日两国人民之间的相互间了解与理解；促进中日两国社会的繁荣与东亚地区的和平与发展。其任务是，协调和组织有关日本研究的重要课题研究及研究成果出的版；举办学术会议和学术讲座等学术活动；编辑出版学术论文集《日本学》；组织和推进同校外、国外日本学研究机构和学者的学术交流与合作。研究中心的成员由北京大学各院系（所）的从事日本政治、经济、文化、历史、社会、语言、文学和思想等各领域的教学和研究人员组成。同时还聘请国内外知名人士担任顾问，邀请国内外学者担任特约研究员。