中心成立以来，一直由北京大学主管文科的副校长兼主任，中心设有常务副主任、副主任和秘书长。现任主任由张国有副校长兼任、常务副主任是徐雅民教授，秘书长是潘庆德。中心挂靠在北京大学亚太研究院，现有研究人员10余名，主要来自于马克思主义学院、社会发展研究所、经济学院、法学院、国际关系学院、历史系、哲学系和图书馆等。中心聘请了多名来自港澳地区和内地的知名人士和著名学者为顾问教授及兼职研究员。

十五年来，中心出版了多部研究港澳问题的学术专著，发表了上百篇论文，举办过多次学术研讨会和多期研修班，与港澳地区的学术机构及高校建立了广泛的合作关系。另外，中心还积极配合学校接待大量来访的港澳学者和政界、商界精英人士。

自成立以来，中心一直得到各级领导、社会各界的重视和支持，中心将一如既往地扩大对外交流与合作，依托北京大学的学科优势，办成国际知名的研究港澳问题的学术机构。