二教总建筑面积33508.4㎡，建筑高24米。工程总体采用框架结构，可以抵御八度地震。外墙面主要为蓝黑色氟碳喷涂玻璃幕墙、灰色陶土挂板、灰色面砖，工程设计由原农园设计师完成，外观与农园自成一体。

二教地上共分五层，设计教室总计74间，其中200人以上的教室8间，可以容纳6700人同时上课；地下共三层，其中一二层为可存放3000辆自行车的自行车车位。

二教功能布局特点显著，200人以上的大教室，全部设置在1、2层，综合利用跨层拓展空间，并可充分利用接地疏散，满足教学、报告、会议等多种功能的需求。50人以下的小教室集中在5层设置，还特别设置成活动桌椅，以利于研究气氛的形成。贯穿全楼的中庭系统，打破了传统的中走道教学楼模式，使教室获得自然的对流通风的同时也起到了综合节能的作用。大楼共设了9个人行出入口，5个自行车出入口，和两个远端汽车出入口，契合教学楼大人流、短时集散的特点。