研究所的任务是：加强在软件工程及其相关领域的学术研究，出国际水平的研究成果；加强软件工程技术实践，直接服务于我国软件产业的建设；培养软件技术和管理方面的高级研究人才和工程人才，适应我国软件技术研究和软件产业发展的需要。北京大学软件工程研究所一直承担着重要的国家级科研项目（包括国家科技攻关项目、国家863高技术计划项目、国家发改委高新技术产业化专项、国家信息产业部项目、国家973项目、国家教育部项目、国家自然科学基金项目、中国博士后科学基金项目等）的研究工作，同时也承担了很多横向合作项目（包括国际合作研究、面向软件企业的技术服务及咨询等）的研究工作。研究所在杨芙清院士的领导下，科研成果斐然，多次获得国家级和部委级的表彰和奖励，为我国软件技术和软件产业的发展做出了积极贡献。