北京大学震旦古代文明研究中心原名为北京大学古代文明研究中心，成立于1999年5月20日。

2003年1月5日，和震旦文教基金会签订全面合作协议，更名为北京大学震旦古代文明研究中心。

古代文明研究历来为学术界所重视，同时也倍受世人瞩目。随着近代学术尤其是以田野考古为标志的现代考古学的发展，对古代文明的研究取得了前所未有的进展。人类社会主要的几大古代文明的形成和发展及衰亡过程正日渐清晰地显现出来。在中国，接连不断的考古新发现，强烈地冲击并更新着我们对史前史和上古史的传统认识。中国古代文明的发展历程及其独有的特性也逐渐明朗起来。在此背景下成立古代文明研究中心，不仅在学术上将发挥积极的作用，而且也有着深刻的现实意义。

北京大学是一所国内一流的综合大学，文、理兼备，学科齐全，研究力量雄厚。作为古代文明研究基础学科的考古学，在北京大学已有近七十年的历史，北大考古文博学院被誉为“中国考古学家的摇篮”，是中国考古学研究的重镇之一。多年来的考古实践与研究，已取得了一系列与古代文明相关连的学术成果。与之相关的古文字学、历史学、哲学、民族学等人文学科亦拥有一批优秀的学者。在人文科学与自然科学的合作研究方面也取得了许多成功的经验和喜人的成绩。在国家重大科研项目--“夏商周断代工程”的研究中，北京大学的碳14实验室和加速器质谱实验室承担了碳14年代测定的大量工作，提供的近一百多个样品测定数据已成为建立夏商周年代框架的主要科学依据。测量的精确度也达到了国际先进水平。北京大学环境科学中心、城市与环境学系在研究古代人地关系方面也获得了一些引人瞩目的成果。