北京奥申委成立于1999年9月6日，由北京市政府、国家体育总局、中央和国务院有关部门负责人、奥林匹克事务专家、优秀运动员代表、教育界、科技界、文化界人士、企业家和社会其他知名人士组成。北京市市长刘淇任北京奥申委主席，国家体育总局局长、中国奥委会主席袁伟民任执行主席，国家体育总局党组书记、副局长李志坚、北京市副市长刘敬民任常务副主席，国际奥委会执委何振梁、中国奥委会原副主席魏纪中任顾问，国际田联副主席楼大鹏任体育主任，中国奥委会秘书长屠铭德和北京市政府副秘书长王伟分别担任秘书长。

北京奥申委的常设领导机构是执行委员会，下设办公室、研究室、对外联络部、新闻宣传部、体育部、工程规划部、财务部和技术部等8个工作部门。