北京市儿科研究所是国家财政全额拨款的事业单位，受北京市卫生健康委和北京市科委的双重管理，属于首都医科大学附属北京儿童医院之院办所性质的儿科基础-临床研究机构。现任所长为倪鑫教授，副所长为李巍教授。研究所以儿童健康需求为导向，以解决儿童健康的主要问题为核心，为我国儿童常见及疑难疾病的预防、诊断和治疗提供理论基础和技术支持，为儿童的健康事业服务。重点开展遗传病基因解析及致病机理、儿童呼吸道感染的诊断及相关疾病机理、儿童营养及营养性疾病、儿童耳鼻咽喉头颈疾病的诊断和发病机理、先天性免疫缺陷疾病的诊断和病因学研究，为儿童重大出生缺陷、严重呼吸系统疾病、胚胎源性肿瘤、先天性免疫缺陷疾病及儿童营养性疾病等的临床诊治和发病机理研究做贡献。