“中心”实行主任负责制和首席专家技术责任制，建立研究开发主体与经济实体相互依存的体制模式。“中心”下设九个研究室，即：蔬菜种质资源与特菜引种研究室；蔬菜生物技术研究室；耐寒类蔬菜育种研究室；茄果类育种研究室；瓜类育种研究室；花卉研究室；蔬菜栽培与设施研究室；蔬菜采后保鲜与加工研究室；蔬菜种子与产品质量检测研究室。建立了四个跨学科综合实验室，即：北京蔬菜种质改良实验室；蔬菜活性物质与深加工实验室；资源高效利用实验室和都市园艺与设施实验室。“中心”下设四个实验农场，即：中心试验农场；四季青试验农场；延庆原种繁育农场及海南试验农场。此外，还有以“中心”为依托的农业部蔬菜种子质量检测监督中心。“中心”投资兴办的北京京研益农科技发展中心、北京利得农业科技开发公司、北京京域威尔农业科技有限公司三个经济实体。