北京教育科学研究院成立于1996年1月。是北京市委、北京市人民政府在成立北京市教育委员会的同时，“将原一办三局下设的教育发展研究中心、教学研究部、教育科学研究所、职教中心、高等教育研究所、成人教育科学研究部所、成人教育教学研究中心、《教育丛书》办公室、北京市教材编审部等单位合并组建”而成。主要职责是进行教育科学应用、基础理论、教育发展战略、教育教学方面的研究，为提高教学质量、教育管理和决策水平服务。

经过二十多年的发展，业务研究机构从成立之初的9个，发展为14个：教育发展研究中心、基础教育教学研究中心、基础教育科学研究所、高等教育科学研究所、职业教育研究所、终身教育与可持续发展教育研究所、早期教育研究所、基础教育课程教材发展研究中心、德育研究中心、教师研究中心、教育创新与推广研究中心、北京市教育督导与教育质量评价研究中心、北京市特殊教育研究指导中心、期刊部（班主任研究中心）。业务研究范围纵向涉及到学前教育、义务教育、高中教育、职业与成人教育、高等教育等各级各类教育，横向涉及到教育规划、教育政策、学校与教师发展，课程、教材、教学、评价，德智体美等方面。与同类机构相比，业务覆盖面最宽，与市、区教育行政部门的联系最紧，与基层学校的联系最广泛。2014年被确定为公益二类事业单位。