2018年11月，北京市生态环境局组建，作为北京市政府组成部门，研究院随北京市机构改革转隶。

2021年9月，北京市编委会批准研究院改名为北京市生态环境保护科学研究院。

据2024年1月研究院官网数据，北京市生态环境保护科学研究院拥有职工300余人，其中，研究员及教授级高级工程师17人、副研究员及高级工程师74人、先后享受国务院政府津贴20人次，获国家级、市级突出贡献专家10人次。

北京市科学技术协会青年人才托举工程入选者：黄玉虎

茅以升北京青年科技奖获得者：李安峰

北京市政府首都环境保护先进个人：刘春兰

据2024年1月研究院官网数据，北京市生态环境保护科学研究院拥有2个国家工程技术研究中心、3个北京市重点实验室、11个专业部门。

国家工程技术研究中心：国家城市环境污染控制工程技术研究中心、国家环境保护工业废水污染控制工程技术（北京）中心

北京市重点实验室：污染场地风险模拟与修复北京市重点实验室、城市大气挥发性有机物污染防治技术与应用北京市重点实验室、城市环境污染控制技术研发北京国际科技合作基地

院属专业部门：城市生态环境研究所、环境规划与政策研究所、大气环境与污染防治研究所、水生态环境研究所、土壤环境与污染场地修复研究所、固体废物污染防治研究所、污染源研究中心、环境分析测试中心、环境工程技术研究中心、环境技术咨询所、绿色发展与智慧环保技术中心

据2024年1月研究院官网数据，北京市生态环境保护科学研究院环境分析测试中心实验室拥有液相色谱质谱仪（LC-MS）、气相色谱质谱仪（GC-MS）、电感耦合等离子质谱仪(ICP-MS）等先进仪器设备280余台套，面积达1000余平方米。

据2024年1月研究院官网数据，北京市生态环境保护科学研究院在政策法规制定、污染防治技术研发与设计、生态工程建设、区域环评规划、成果转化与产品开发等方面均取得了成果。其中，获得国家级各种科技奖励20余项，获省（部）级科技奖励170余项，取得专利、软件著作权200余项，并且多次在北京市科研院所“改革与发展”考评中获得一、二等奖励。先后承担并完成了大量环境治理与管理急需的科研项目，开发出多种实用化技术，为改善首都环境质量，为环境管理决策提供了重要的技术支持与服务。累计完成环境影响评价3800余项，各类环境科学与环境技术方面的研究项目近2000项，在全国近30个省（市）自治区完成治理工程1800余项。

截至2022年，北京市生态环境保护科学研究院近十年获得国家科技进步奖、国家发明奖、北京市科学技术奖、环境保护科学技术奖等科研成果获得奖励25项。

截至2022年，北京市生态环境保护科学研究院近十年获得专利授权171项，软件著作权69项。

据2024年1月研究院官网数据，北京市生态环境保护科学研究院具有中华人民共和国国家发展和改革委员会颁发的生态建设和环境工程咨询单位甲级资信证书。北京市发展和改革委员会颁发的市政公用工程乙级资信证书。

北京市生态环境保护科学研究院是中国首家从事环境保护的科研机构和首批环境工程硕士学位授予单位，面向全国招收环境工程类非定向培养研究生，学制三年。研究方向为大气污染防治、水生态环境保护与污染控制、固体废物和土壤污染防治、城市生态学等。2011年，与首都师范大学联合培养硕士研究生。

北京市生态环境保护科学研究院注重培养科研创新人才，建设团结协作科研团队，依托国家级工程中心和北京市重点实验室，2013年经批准设立博士后科研工作站，据2024年1月研究院官网数据，北京市生态环境保护科学研究院在历年来已培养硕士研究生140余人。

北京市生态环境保护科学研究院院徽上方是研究院的英文缩写IEEP，中央为白云和景色，下方为波浪和北京的英文简称BEIJING。

2022年8月3日，北京市生态环境保护科学研究院党支部在圆明园举办了以“少年暑期生物多样性观察团”为主题的科普活动。