北京市自然科学基金（以下简称“市基金”）于1990年10月30日由北京市人民政府设立，围绕北京市经济社会发展的战略需求，坚持公开、公平、公正的工作原则，遵循尊重科学、发扬民主、激励创新、促进合作、凝聚资源、服务首都的工作方针，采取宏观引导、自主申请、平等竞争、同行评审、择优支持的遴选机制，资助自然科学和与自然科学相交叉的学科领域的基础研究、应用基础研究及其相关的环境条件促进活动，为本市战略性新兴产业培育、高技术产业发展，新兴学科与优势学科建设提供知识、技术和人才储备。

北京市自然科学基金主要资助九大学科门类，包括：数理学科、化学与材料学科、工程学科、信息学科、生物学科、农业学科、医药学科、城市建设与环境学科和管理学科。