其核心任务是神经外科专科医师培训，同时作为卫生部开展专科医师培训和准入制度改革的试点。

学院将参照国际神经外科医师培训规程，结合我国神经外科的发展现状，充分利用学院的临床资源，努力为国家培养一流的神经外科专业人才。

北京天坛医院和北京市神经外科研究所作为亚洲最大的神经外科临床、科研、教学基地、WHO在中国的神经外科培训合作中心和全国神经外科培训中心，已经培训神经外科及相关医生3000余人。设有硕士点10个，博士点6个，博士后流动站2个。1997年被中国医学科学院命名为“中国医学科学院北京天坛医院”、“中国医学科学院神经科学研究所”，并正式挂牌。

师资队伍由北京天坛医院和北京市神经外科研究所副高职以上的基础与临床工作人员组成，并聘用部分国内著名专家做兼职教师。条件成熟时，还将聘请部分在国际有较大影响的国外专家做客座教授。