很快，名为艾里卡蒂姆的爪哇大海盗已经率部下接近北大年海岸。他麾下有20艘南洋风格的桨帆战舰，被西方世界俗称为卡拉卢祖斯船（数量可能有夸张）。除借助风力运作的纵帆，还有上下2排划桨可供战时驱动。由于体型较大，可在容纳超过百名乘员之外再储存大量货物与武器。对于任何势单力薄的全装帆船而言，是非常难缠而可怕的对手。

当时，恩里克指挥的卡拉克帆船已成功离开锚地，并迅速进入公海位置。但东亚式帆船是较大型的货船而非战船，硬帆需要很长时间才能完全展开，加上主帆都没有安设完毕，只能继续在港内等待。结果，那艘卡拉克帆船果然在远距离内目睹了爪哇海盗的蜂拥而入，不得不再折返到岸边保护货船。艾里卡蒂姆也发现了这个现象，于是派12艘卡拉卢祖斯去对付回访的卡拉克，余下8艘专门围攻在岸边滞留的东亚式帆船。正因如此，这场北大年海战也就被分为两个单独的小规模现场。

首先是在深水区的1V12对抗。爪哇海盗一上来就遭到卡拉克帆船的火力倾泻，并因此在短时间内就出现巨大伤亡。但他们很快就调整了策略，在对方舰炮的射击间隙进行加速冲锋，很快就从四面八方包围了敌舰。

面对持续不断的火绳枪与小口径火炮还击，大部分爪哇人还聚拢盾牌，组成类似古罗马龟甲阵的极端防御队形。但随着葡萄牙人不断丢下石头和火药桶，这样的严防死守也失去了大部分意义。只是依靠较多的人数，在近距离内尝试火力压制。有3名水兵在这场乱射中被打死，更多人则有不同程度的受伤。其中就包括指挥官恩里克，他被一支用吹管发射的毒箭命中，很快就因失去意识而被送到船上的塔楼内治疗。但突如其来的强风，帮助卡拉克帆船顺利脱困。葡萄牙人也及时利用这个机会，撤到远距离上进行炮击。爪哇海盗的火炮射程无法与之比拟，只能放弃了对大帆船的低效围攻。

然而，艾里卡蒂姆很快就重组的兵力，并开始加入对那艘东亚式帆船的强攻。由弗朗西斯科率领的16名船员，很快意识到自己被身边的马来水手抛弃。当他们决心用火枪和火药桶去防御没有安装火炮的帆船时，后者已纷纷跳水有回岸上。于是在此后的8小时内，他们就不得不直面超过千名海盗的连续进攻。爪哇人在自己的第一轮试探攻势遭到强力反击后，也立刻将所有战舰分成4组，每次只用5艘船的兵力进行包围。经过反反复复的消耗，将东亚式帆船上的桅杆与锁具打坏。

到夜里的11点时，船上已经只剩3人还能站起来操作武器。艾里卡蒂姆决定亲自出马，用自己的卡拉卢祖斯船递住对方。然而，尚有余力的弗朗西斯科离开与部下一同投掷火药桶，直接造成对方的旗舰陷入火海。不仅让自己化险为夷，也烧死了爪哇大海盗的2个儿子。愤怒的艾里卡蒂姆让人砍断抓钩上的绳索，呼唤所有船只上前进行炮击。但因为东南亚土造火器的口径太小，一时半会也无法将帆船彻底击沉。

至于原本负责护航的卡拉克帆船，则因为主帅的昏迷而无人指挥。船员害怕再次深陷重围，因此利用风向逐步远离北大年海岸。直到恩里克在夜里苏醒，才发现他们险些酿成大祸，骂骂咧咧的要求属下继续返回锚地战斗。

因此，当弗朗西斯科以为自己即将战死时，久违的增援开始在最后时刻突然出现。由舰炮发射造成的火光，犹如点点星光般大量照射到爪哇舰队头上，也压垮了这些东南亚海盗的战斗意志。有3艘受损严重的卡拉卢祖斯船被迅速摧毁，稍后又有另外2艘在缺乏准备的情况下沉没。艾里卡蒂姆的旗舰也是其中一员，迫使他被迫只身游上岸逃生。整场北大年海战也就在深夜中落下帷幕。

尽管损失很大，葡萄牙人还是保住了东亚式帆船与上面的大部分货物。他们在返回马六甲的途中，又冲破了另一批由60艘船组成的爪哇舰队。但这次艰险航程的所得，足以让所有投资回本。