2000年5月20日，北大附中深圳南山分校诞生在雄伟的南山脚下，旖旎的珠江口左岸。它是北京大学、香港科技大学和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是深圳市南山区教育局和北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校，是北京为明教育集团开办的第一所学校。开拓了“广东省一级学校”、“广东省首届十佳民办学校”“国家首届教育科研百强校”、“广东省高中教学水平评估优秀学校”、“南山区教育现代化示范校”的辉煌之路，如今，在已经毕业的5届初中生，3届高中生当中，有五十多人以优异成绩先后考入英国剑桥大学、美国图兰大学、加拿大多伦多大学、澳大利亚悉尼大学、日本早稻田大学等国外知名学府深造，有二百多人考入国内北大、清华、中国人大、香港大学等重点大学学习。在九年成功的素质教育实践和跨越式发展中，学校办学优势和办学成果亮点纷呈，2006年荣获“深圳市高考成绩优秀奖”政府嘉奖，历年中考成绩始终位居南山区前茅，成为南山区“教育系统先进单位”、“校园文化建设特色学校”、“校园安全工作先进单位”。