进入了1980年代之后，塞尔维亚的米洛舍维奇登场。米洛舍维奇对于制定于1974年承认旧南斯拉夫六个组成国和科索沃、伏伊伏丁那两个自治省大幅自治权力的宪法强烈地不满，认为该宪法会削弱塞尔维亚的权力。随后以争取塞尔维亚在联邦中的地位为由，用煽动塞尔维亚人民族主义的手段，实际上塑造自己成为塞尔维亚民族救星的形象，巩固个人的统治权力。

对于这样情况，其他各国也开始以反塞尔维亚的形式扬起民族主义运动。其中反应最强烈的即是克罗地亚人、斯洛文尼亚人和科索沃的阿尔巴尼亚人，特别是科索沃的阿尔巴尼亚人早从1968年和1981年就两度发生了大幅度的反政府示威和罢工活动。

1988年南斯拉夫各民族的民族运动正沸沸扬扬之际，斯洛文尼亚发生了一起影响深远的煽动事件，史称为“杨沙事件”。

斯洛文尼亚因为地缘关系和西欧最为接近，和西欧的交流不仅仅带动经济更也把政治的思潮带入受到较大的影响。是故东欧大多数的地方言论自由被禁止，但是在斯洛文尼亚言论自由风潮却是被容许的特例，最后这样的风潮转化为反体制（亦可说是反贝尔格莱德）的行为由知识份子为中心开始扩散。此时引发这活动的斯洛文尼亚青年同盟发行的社团机关报穆拉迪纳的记者杨沙被逮捕及后续相关事件被称为“杨沙事件”。

杨沙的报道揭露了南斯拉夫军队的机密，因此被以军事泄密罪给逮捕，杨沙本人是反塞尔维亚的急先锋所以这个逮捕行动让斯洛文尼亚人反感，接下来审判时又以塞尔维亚-克罗地亚语进行，更是让当地人的反感又加深了一层。这件事情之后斯洛文尼亚人对于反塞尔维亚的立场更为坚定。

1989年起，原东欧共产主义政党连续垮台，这个影响亦波及了南斯拉夫。1989年初斯洛文尼亚、克罗地亚就承认了非南斯拉夫共产党的政党设立。1990年决定改成多党制的自由选举。斯洛文尼亚并于同年的4月即举行多党制的选举，南斯拉夫共产势力大败，斯洛文尼亚国家主义色彩强烈的中间及右派联盟抬头。

这个时候，南斯拉夫虽然名义上还是联邦但是其实内部已经开始分崩，各组成国有各自的考量来描画未来的蓝图。1990年10月，斯洛文尼亚和克罗地亚对于南斯拉夫的未来提出了一种新的“国家联合模型”。这个提案即是把南斯拉夫给迷你欧洲共同体化，即是承认各国的主权，在经济和军事方面各国协调取得同样的方向。这个提案后来被举行自由选举但还是南斯拉夫共产党系政党获胜的塞尔维亚和黑山给驳回。这结果造成斯洛文尼亚和克罗地亚相当失望，后来无法避免和南斯拉夫选择分道扬镳。

1991年6月25日晚，斯洛文尼亚共和国宣布独立．并把在斯境内的南联邦与奥地利、意大利、匈牙利的边界宣布为斯国界。6月26日凌晨，斯洛文尼亚地方防御部队接管了南边境的海关和过境通道，并换上了斯洛文尼亚国旗和国徽，同时在南联邦境内的斯洛文尼亚与克罗地亚交界处设置关卡，检查过往行人与和车辆。在由铁托设计的南武装力量架构中，除了属于联邦的南斯拉夫人民军外，还有归各共和国指挥的地方防御部队。1991年时归斯洛文尼亚指挥的地方防御部队约2万人，另外还包括近6万预备役人员。在拥有18万人与大量重武器的人民军看来，仅仅装备轻武器的斯洛文尼亚地方防御部队不堪一击。

6月26日，斯洛文尼亚举行独立仪式。南斯拉夫联邦开始行动，但是这一天并没有大规模的冲突。

6月27日凌晨，由南军第5军区的1990名士兵、460名联邦警察与270名联邦海关人员组成的联合部队，在空军战斗机与直升机的掩护下，向南奥南意边境出发，准备夺回边界通道；而另一路由110辆坦克组成的部队，则向斯洛文尼亚首都卢布尔雅那进发，其目标是控制该地的机场。

面对南人民军的坦克，斯洛文尼亚立即调动其地方防御部队与警察部队准备迎战，并在全国发布了总动员令。斯军在所有交通要道与城镇人口设置路障并构筑阵地，以阻止南军坦克的通过；同时斯洛文尼亚当局切断了南军在斯洛文尼亚境内各军营的水电与食品供应，解雇南军家属在当地的就业人员。

当天，南军与斯地方卫队首先在斯洛文尼亚东南部的奥尔莫日、新梅斯托发生冲突；随后在与奥地利接壤的一些边界过境站也发生了冲突。斯地方卫队还围攻了南人民军的两个军营与一个机场，击落了1架南军的直升机。在奥地利边境的卡拉瓦卡边境站，南军还进行了空降。当天，斯全国近20个地点发生了南军与斯地方卫队的战斗。

28日，冲突进一步扩大。斯地方卫队进一步围攻南军军营，而南军则在坦克进攻受阻后发起了空中打击。当天南军战斗机对斯地方卫队的14处阵地进行了轰炸，还攻击了卢布尔雅那与马里博尔的两座机场。当天下午，南国防部发表声明称，已经完全控制了斯境内的南斯拉夫国界。

6月29日起，优势开始转向斯洛文尼亚方面。双方仍然在斯各地不断交火。冲突主要发生在南军各被围军营的突围与解围战斗中。在斯洛文尼亚境内各分散的南军军营均遭到斯地方卫队围攻，在断电断水与失去食品供应的情况下处境艰难；而南军解围部队则受困于地理与路障，大批斯洛文尼亚与克罗地亚族士兵逃离部队也削弱了南军战斗力。在持续一周的冲突中，南军有36人阵亡，2500人被俘。

斯洛文尼亚的坚决抵抗出乎了南人民军与塞尔维亚的预料。尽管南军兵力与装备占压倒性优势，但是此时南境内已经是危机四伏，南军无法抽调足够的兵力形成绝对优势。在这种情形下，南军与塞尔维亚均意识到，斯洛文尼亚的独立已经不可逆转，南军继续在斯洛文尼亚用兵，或许能够一时压倒斯地方卫队，但是必将深陷其中。而南军身后还有一个克罗地亚，一旦克罗地亚准备完毕，则南军必将两面受敌。

而就斯洛文尼亚方面，南军的进攻同样也使其备受压力，此时南军的行动仍非常克制。在与南军坦克战斗机持续一周的战斗中，斯洛文尼亚方面仅有3名士兵、2名警察与5名平民死亡；一旦南军被彻底激怒，斯洛文尼亚的损失也将非常惨重。

此后直到7月初各地不断地有零星的战斗，然而由于与斯洛文尼亚同时宣布独立的克罗地亚境内塞尔维亚人与克罗地亚人冲突扩大，使得居中介入的联邦军队难以调度。此外斯洛文尼亚实行截断南斯拉夫联邦军补给线的行动，甚至不惜击落由斯洛文尼亚人所驾驶的联邦武装直升机。在斯洛文尼亚国内对于南斯拉夫联邦军强烈的不支持也对战争形成了有利的状态，加上实行宣传战更让联邦变成了坏人一角，此时在欧洲各国的指摘声中7月2日南斯拉夫联邦军一部份的军队决定先撤退。

7月5日晚，在欧共体外长的调解下，斯洛文尼亚宣布接受停火条件，推迟3个月独立，拆除全部路障，遣散地方卫队，释放2500名南军被俘人员；而南军也宣布从斯洛文尼亚撤军。

7月7日，南斯拉夫联邦共和国和斯洛文尼亚共和国双方在欧洲共同体的出现下进行调停并且在布里欧尼岛（Brijuni）上面达成协议停火。南斯拉夫军队从斯洛文尼亚完全撤军，而卢布尔雅那当局暂缓三个月独立，两方都遵守协定。7月8日，斯洛文尼亚政府发表胜利宣言。

7月17日，双方在欧共体外长调解下谈判后确认了边境由斯洛文尼亚警察按南联邦法律管理，关税收入归联邦中央。斯洛文尼亚冲突暂告一段落。

斯洛文尼亚因为此役取得独立，取得长久以来所期盼的经济自主。斯洛文尼亚的经济在刚独立后那段时间，因为失去原本的南斯拉夫市场所以整体经济力量下降，之后积极的打入西欧的市场后开始成长。在1995年突破了一般被视为先进国家的门槛，也就是一人平均所得超过一万美元。塞尔维亚和克罗地亚也因为斯洛文尼亚的资金进出而开始经济活化。2004年时率先加盟欧盟，和同时加盟的捷克、斯洛伐克、匈牙利、波兰等国比起来斯洛文尼亚的经济能力维持着较高的水平，2007年1月1日进行货币整合开始采用欧元。

斯洛文尼亚是最先从南斯拉夫分离的国家，克罗地亚则因为独立不被承认而展开内战。因为有斯洛文尼亚独立的前例，所以鼓舞了之后波斯尼亚和黑塞哥维那和马其顿，成为他们也倾向独立的一个理由。