可潜式快艇外型与潜艇截然不同，潜艇采用的是水滴或者雪茄型动力外型，而可潜式快艇采用的是流线型的快艇布局；可潜式快艇体积更小，水面航速可达50节，水下航速10节左右。可潜式快艇水下继航能力较差，只有3-5小时；而潜艇则长的多。

可潜式快艇的下潜是利用位于船身前后的两对水翼与水的角度来进行的。这与飞机副翼原理类似，同时，如果可潜式快艇发动机关闭或者动力下降，船身会浮出水面。而潜艇是利用水柜进行潜水，可以关闭发动机在水下长时间停留。

可潜式快艇可以迅速在近海部署，在渔船、货船、大雾等方式掩护下 以半潜方式接近目标，以鱼雷或者导弹攻击目标后迅速上浮离开。

可潜式快艇由于自身条件限制，其作战半径也与导弹快艇类似，难于在外海部署。属一种近海防御性武器。