1931年在鲁迅帮助下出版《1925-1927中国大革命史》一书，对当时和以后的革命斗争起了很大鼓舞作用。

华岗于1932年初，被派往北方，以中共中央华北巡视员的身份先到北平，后去唐山，视察指导工作。此时，满洲省委书记罗登贤调回中央，中共中央决定建立满洲特委，任命华岗担任特委书记。当年9月，途径青岛时，因叛徒告密，华岗与交通员张永祥一同被国民党当局逮捕，判刑5年，关押山东第一监狱。华岗化名刘少陵，并未暴露身份。1932年，华岗被转移关押在济南看守分所，遇任作民和向明，并一同在狱中与当局进行斗争。

1934年6月底，虽然查无确证，但国民党当局仍对华岗、张永祥判刑5年。他们不服，提出上诉。11月初，高等法院批复坚持原判。11月底，华岗便被送回青岛山东省第5监狱服刑。

1937年1月再次被移送济南第一监狱，与任作民和向明再次相会。1937年2月16日夜里，华岗等几十人被送进山东省反省院，次日黎明，他们被押上火车，19日抵达汉口，他们被送进武昌反省院。1937年9月，中共代表董必武到达汉口，找国民党当局交涉，要求无条件释放华岗、任作民。迫于当时的形势，反省院于10月16日，通知二人出院。1937年10月，经组织营救出狱，任中共湖北省委宣传部长，筹办武汉《新华日报》，任总编辑，兼《群众》周刊主编。

1943年初，任中共中央南方局宣传部长，派赴云南做统战工作，化名林少侯，应聘云南大学社会学教授，参加组织西南文化研究会，团结李公朴、闻一多、费孝通、吴晗等著名人士开展爱国民主运动。

1945年8月，任国共谈判中央代表团顾问。1946年5月，任中共上海工作委员会书记。1947年3月，国共和谈彻底破裂后，随中共代表团一起撤到延安。

1946年5月，任中共上海工作委员会书记。1948年春，华岗经中共中央批准到香港治病，协助中共香港工委做统战工作。1949年9月，华岗应召到北京出席全国政协会议，因病滞留青岛，被安排以山东大学教授身份讲授《社会发展史》，同年出版《太平天国革命战争史》。

中华人民共和国成立前夕，1949年8月，华岗奉命从香港乘船北上，计划途经上海，再赴北平，到中央某部担任领导工作。当轮船驶临上海港时，正遇到国民党飞机轰炸，无法停靠，只好继续北上，开往青岛。相隔17年，同样是在9月，华岗再次路过青岛。

1949年9月2日，华岗抵达青岛，与向明（时任军管会主任）相遇。谈话中，向明得知华岗要去北平赴任，便极力挽留。华岗当时肠溃疡发作，经请示中央，暂留青岛养病。

1950年4月，华岗被任命为山东大学校长兼党委书记，创办《文史哲》杂志任社长，同年出版《苏联外交史》、《目前新文化运动的方向和任务》。

1951年春，济南华东大学迁到青岛并于山东大学，华岗续任校长兼党委书记，同年出版《五四运动史》。

1953年，出版《鲁迅思想的逻辑发展》。1954年，他当选为第一届全国人民代表大会代表，同时还兼任中国史学会理事、《哲学研究》编委，次年出版《辩证唯物论大纲》和《辩证唯物论和物理学》。

华岗在山东大学任职期间，同他一起工作的副校长童第周、陆侃如，是著名的科学家和文学史专家，教务长、总务长和各院院长，也都是知名教授，富有办学经验。凡是学校的重大兴革事项，华岗校长都与两位副校长及教务长、总务长等共同商量，一起做出决定。因此，学校在这一时期出现一派生气蓬勃和兴旺发达的景象，被称为是山东大学建校以来的又一个“黄金时代”。

华岗校长在山东大学工作时的业绩，概括起来，有以下几点：（一）重视全校的马克思列宁主义学习。他亲自为师生员工讲授《辩证唯物论》等政治理论课，提高师生员工的思想和理论水平。（二）认真贯彻执行党的知识分子政策。他强调知识分子在国家建设中的作用，提出办好学校必须依靠教师，调动广大教师的积极性，发挥他们的专长。同时，还要帮助他们解决工作上和生活中的实际问题。（三）主动抓教学工作。他深入院系，与教师共同研究课程改革，还为文科学生讲授业务课。（四）发扬学术民主。他积极倡导科学研究和学术讨论，同文科教师一起，创办《文史哲》杂志，主张学术上各抒己见，广泛讨论。（五）抓大事，提高领导和管理水平。学校的重大工作，在党委常委会议、校务委员会和校长办公会议上研究讨论，日常工作人手让各有关部门去办，以调动各方面的积极性，发挥行政工作效能。

1955年2月，当局在全国展开对胡风思想的大规模批判，华岗于3月在校刊《新山大》上以方衡的笔名发表《胡风文艺思想的唯心论宣传》，此后当大批判继续深入到政治领域后就借故全部推辞了；5月，前山东大学中文系主任吕荧在中国文联和中国作协批胡风大会上公开发言说：胡风问题是文艺理论问题不是政治问题，不能说胡风是反革命。山东大学有人提出要重点批判吕荧，华岗批示“缓办”；1955年8月25日，华岗作为“胡风反革命集团分子”和以中共山东分局代理书记向明为首的“向明反党集团成员”嫌疑，被青岛市公安局抄家并关押；其妻谈滨若先被隔离审查，后因“包庇华岗”被开除中共党籍，行政降四级。

1957年秋，华岗被转押北京秦城监狱。1963年，当局对“向明反党集团”的成员进行甄别，并释放了向明；“胡风反革命集团”也大致定案，也没有查出华岗此有何相关罪证，但因拒不认罪，仍被作为“胡风分子”继续关押。

1962年中国共产党纠正了一些左的倾向，“向明反党集团”的成员到1963年已先后甄别，向明已获释放。“胡风反革命集团”也已定案，经查，华岗与此集团的“反党活动”毫无关系。

1965年3月19日，最高人民法院以反革命罪判处华岗有期徒刑13年，并剥夺政治权利7年，比所有“胡风反革命集团骨干分子”判得更重，仅次于胡风本人的14年徒刑。1968年8月24日，本是华岗刑满释放之日，但他却被继续关押到1970年3月5日才办理释放手续，但不准出狱，已过66岁仍被安排到监狱里的就业队，直到病倒失去自理能力，才于1971年1月被送回青岛家中。1972年初，华岗病情恶化，但在青岛被限制就医，只得重回济南监狱要求医疗，但直到4月病情进一步恶化，才被送进医院，但当局不允许家属陪护，5月17日在济南医院孤独地去世。

1976年，党中央粉碎了“四人帮”。1978年12月，中共十一届三中全会召开，开始全面纠正文革及以前的左倾错误，平反冤假错案。

1980年3月28日，中共中央正式批准为华岗同志平反昭雪，恢复名誉。4月10日，最高人民法院撤销原判，宣告其无罪；5月22日，中共山东省委决定，恢复华岗同志的党籍和政治名誉。7月5日，省委在济南英雄山烈土陵园为华岗同志举行隆重平反昭雪追悼大会，悼词对华岗同志的一生做出了正确的评价，肯定他在几十年的革命斗争中，一贯忠于党，忠于人民，对工作兢兢业业，对人民无限热爱，为中国革命事业做出的贡献。

华岗的狱中遗著有《美学论要》《规律论》等16部，论文218篇，未发表文稿4部。前两部遗著由人民出版社相继于1981和1982年出版。山东大学出版社于1998年和2003年先后出版了《华岗文集》和四卷本《华岗选集》。

《太平天国革命战争史》《五四运动史》《中国民族解放运动史》《1925—1927年中国大革命史》《社会发展史纲》《苏联外交史》《中国历史的翻案》《鲁迅思想的逻辑发展》《辩证唯物论大纲》《辩证唯物论和物理学》、狱中遗著《美学论要》《规律论》等专著16部，论文218篇，未发表文稿4部。译著有《共产党宣言》、《俄国革命史》。

1.《战士·学者·校长（华岗同志百年诞辰纪念文集）》，刘培平，山东大学出版社，ISBN 9787560726779

2.《华岗传》，向阳，浙江人民出版社，ISBN 9787213009082

3.《在创造历史中书写历史：华岗史学研究》，黄广友，山东大学出版社，ISBN：9787560760698

华岗不仅是一位久经考验的无产阶级忠诚战士，也是一位勤奋的马克思主义理论宣传家和学识渊博、在国内外有影响的学者。早在1930年他就将《共产党宣言》再次翻译出版，第一次喊出了“全世界无产阶级联合起来”这一震撼人心的口号，与陈望道译本的“万国劳动者团结起来”的译本有明显的区别。他翻译的《共产党宣言》为马克思主义在中国的传播做出了重要贡献。在山东大学期间，他把宣传马列主义、毛泽东思想和党的方针政策当作头等大事来抓。当时政治理论课教师十分缺乏，华岗便亲自抓政治理论课教育。每次讲课，他都以马克思主义的基本理论，参照毛泽东的《矛盾论》、《实践论》中的观点，将理论寓于社会进步、科学发展、研究成败、工作得失等常见的具有实感的事例中，生动具体，说服力强，深受欢迎。每次讲课，青岛市不少科级以上的干部都来参加，能容纳4000多人的广场挤得坐不下，成为青岛一大盛事。同时他还十分注意贯彻共产党的知识分子政策，善于团结知识分子，强调学校要“以教学、科研为中心”。