公司下设华能生科有限公司、华能制药厂、华能医药研究所及健康酒业和健康食品事业部等研发、生产和经营企业。 华能药业在集团公司的领导下，秉承“用圣人之心，做济世好药”的经营理念，坚持“高起点、高质量、高效益”的经营原则，开拓进取、与时俱进、努力拼搏，在发展生物制药和振兴民族医药领域做出了突出贡献。

华能药业坚持以市场定位导向，以高科技武装产品，坚持“以人为本”的用人观，企业规模和市场规模不断壮大，已发展成为“国家级重点高新技术企业”、“国家火炬计划项目实施单位”、“国家级产业化推进项目实施单位”、“中国农业银行山东省分行AAA级信用单位”。

华能药业依托于国内外强大的科研机构群体，强强联合，已与清华大学、中国科学院、中国中医科学院、浙江大学、四川大学、中国农业大学、美国俄亥俄州立大学、中国人民解放军总医院、 中科院海洋研究所、济宁医学院等权威机构形成了长期、稳定的战略合作伙伴关系，系列产品获得“国家重点新产品”、“中华医学会优秀产品荣誉奖”、“中华医药发展贡献奖”，部分产品通过了美国FDA认证，成功登陆欧美与东南亚市场。