南京地铁S6号线起自马群站与既有南京地铁2号线、规划与南京地铁12号线换乘后，跨越宁芜铁路、沪汉蓉仙西联络线及白水河，沿着S122（宁杭公路）经过白水桥东、麒麟镇，在麒麟镇与规划南京地铁8号线换乘，上跨绕越高速公路、京沪高速铁路隧道，沿S122南侧向东过锁石村站向南拐穿越青龙山，上跨宁杭公路，沿X426公路南侧规划绿化带向东过侯家塘，在古猿人遗址附近由高架转入地下，在汤泉西路设汤泉西路站，向南沿汤泉东路路中向南过汤山镇，下穿规划汤山路后，由地下过渡为高架，过汤山站后线路上跨新建S122公路，向东沿S122公路南侧经过黄梅、黄金坝、沿宝华山路（北五环）路中敷设至华阳站。