卓小勤从上世纪八十年代起，曾参与了中华人民共和国许多法律、法规和规章的起草工作，参与了2002年4月15日，国务院公布的《医疗事故处理条例》的起草。作为法律学者的他，还代理过许多医疗纠纷案例。

卓小勤从事医疗法学及医患关系方面的研究长达20余年，发表大量学术论文，主编《病人的权利》一书。 曾参加卫生部的立法工作，如《医师法》、《医疗机构管理条例》、《中华人民共和国护士管理办法》及多部行政规章的起草。

卓小勤多次作为嘉宾参加中央电视台《今日说法》等节目的制作。较有影响的节目有《眼球丢失案》和《天使之死》等。

卓小勤主要致力于医患关系、医院规章制度和医院管理中的法律问题和医院风险管理的研究，曾为中央电视台《今曰说法》《新闻调查》和最高人民检察院的《法制中国》、司法部的《律师视点》等节目做点评专家。