2011年8月16日，主演的偶像剧《男女生了没》在中国台湾播出，卓文萱在剧中饰演的黑又男，性格率直天真，迷糊带点傻气，行为有些缺乏女人味；9月16日，出演的军事题材剧《勇士们》在台视播出，卓文萱在剧中饰演一腔热血为国除奸的徐玉树；10月14日，发行专辑《反正卓文萱》，让人们看到了卓文萱由小女孩向轻熟女的转变，她则凭借该专辑获得了MusicRadio中国TOP排行榜颁奖晚会港台地区推荐唱片奖；11月4日，推出歌曲《反派》，该曲尝试了摇滚电子曲风；12月31日，参加江苏卫视跨年演唱会，并与曹格演唱歌曲《梁山伯与茱丽叶》。

2012年2月28日，举行“反正卓文萱”演唱会；3月，与孙艺洲、王传君、赵霁合作主演偶像剧《爱情是从告白开始的》，在剧中饰演为爱勇敢向前冲的女生池早早；7月29日，推出与黄鸿升合唱的情歌《心爱的》，该曲也被选为电视剧《就是要你爱上我》的片头主题曲。

2013年11月29日，与霍诗丹、张雁名、巫迪文等人共同出演的青春励志片《幸福快递》上映，她在片中饰演不幸罹患白血病的台湾女孩以容。

2014年2月14日，其参与录制的“越欢聚，越青春”快乐中国湖南卫视元宵喜乐会在湖南卫视播出，在节目中与曹格演唱歌曲串烧 《起床歌》《梁山伯与朱丽叶》；8月22日，与黑泽良平搭档主演的校园迷你剧《麻辣教师GTO台湾篇》在八大综合台播出，卓文萱在剧中饰演高校老师雪莉；9月26日，推出个人专辑《灼乐感》，她则凭借该专辑获得新城国语力女歌手歌曲奖，其中歌曲《心爱的》还获得了音乐先锋榜最受欢迎先锋对唱金曲奖；12月27日，举行卓文萱“一匹黑马”广州演唱会。

2015年5月，出演舞台剧《情人眼里出西施》。

2018年3月，出演歌舞剧《赛貂蝉》；12月11日，主演的青春校园片《兵荒马乱的爱情》在爱奇艺独家上线，卓文萱在片中饰演拳击系女生莫乱，她则凭借该片获得第四届金网电影盛典最佳女主角奖。

2019年9月，主持三立都会台烹饪节目《型男大主厨》。

2013年7月11日，卓文萱出席第十三届中国（深圳）国际品牌服装服饰交易会，卓文萱Adore.I.G.I品牌与黑人陈建州“热血”、廖人帅“OUTERSPACE”、辰亦儒“wow”、浪花兄弟Darren“Continued” 4家潮牌合作联名发行作品“大五限联名”；7月30日，成立自创品牌“Adore.I.G.I”；8月，在台湾发行，卓文萱在Adore.I.G.I品牌中亲自参与行政、创作图案、挑选布料等每个细节。

卓文萱在其著作《GENIE 卓文萱 1986の独立萱言》中写到，2005年，19岁的卓文萱与比自己相差大十四岁的吉他手杨声铮恋爱，后二人分手。

2021年3月20日，卓文萱在接受某媒体专访时，承认自己与小6岁的男演员许少瑜的恋情，并坦言两人已经交往一年多，状态稳定。

2008年11月9日，担任雨天街头募款代言人、红心字会公益大使，为弱势儿童在街头募款；12月13日，参加由肯爱协会主办的“第三届拥抱爱：忘忧880 用爱抱抱您”活动，并担任台北关怀忧郁症患者活动代言人，呼吁民众关怀忧郁症患者。

2009年6月9日，担任《让爱转动整个宇宙》群星代言人，并录制了一首公益歌曲《让爱转动整个宇宙》来纪念并见证台湾人在台湾九·二一地震灾难过后坚强的生命力。2010年1月，卓文萱前往红心字会老人服务中心探视失智老人，并在庆生会现场，将专辑销售所得的六十万元捐款给弱势家庭；3月，与餐饮店连手做公益，为贫童筹募营养餐费。

2012年11月20日，参加某品牌与台湾世界展望会合作举办的“用最浓的爱 拥抱全世界”爱心募集成果记者会，并捐出10顶“Genie亲笔签名变身潮流帽”提供义卖，希望能透过爱心义卖，倡导并推动公益。2013年，赴越南举办“爱在越南 甜心卓文萱，甜心演唱会”，为越南故乡人道孤儿院筹募社会资源，关怀当地弱势儿童。

卓文萱是一个很用功刻苦的女孩子，对事业和感情都很认真，同时也比较容易受伤。她一直就是摩羯座的典型代表，摩羯女孩的特质在她的身上表露无疑。她坚强勇敢、内心淡定，言谈丝丝入扣，当以干净清爽的着装配上一袭直长发时，会有一份貌似传统的矜持，颇受男生喜欢。无论是平日还是演唱会及各种通告，她总是有自己独到的品位，简单又不落于俗套，加上其活泼阳光的性格，就像是人见人爱的小精灵。此外，演唱会上的她身着一身白色裙装，泡泡袖和领口的玫瑰设计让她看起来既可爱又个性十足。（吴克群、环球娱乐在线评）