卓敬天资聪颖，一目十行，过目不忘。七岁时，有相士言：“此奇儿也，可惜血不华色耳”。十五岁时，读书于宝香山，夜归风雨迷路，得一牛骑归，释放时才发现是一只老虎。

明洪武二十一年（1388），卓敬以二甲第一赐进士出身，被任命为户科给事中，为人耿直，不避权势。当时制度还不完备，诸王的服饰、车马模仿太子。卓敬乘机说道：“京城为天下效仿。陛下对诸王如不趁早分辨等级、威严，而使他们的服饰与太子相同，从而嫡庶混乱，尊卑无序，何以令天下？”朱元璋说：“你说得对，朕还没有考虑到此。”因而更加器重他。他日与同僚觐见，恰好八十一人，太祖命他们改称元士。随即以六科为政事本源，又改称源士。不久，重又称给事中。卓敬历任宗人府经历、户部侍郎。

建文初年（1399年），卓敬秘密上疏说：“燕王智谋绝伦，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地势优越，兵精马壮，金、元即由此兴起。现在应当将他改封南昌，万一有变，也容易控制。事情即将萌发而未行动，那是由于时机未到，而考虑可以行动的时间则要依据形势。形势还未成熟时便不能做出决断，而时机还未明朗便不能给予明察。”上奏到达朝廷，第二天皇上召问卓敬。卓敬叩首道：”微臣所言乃天下至计，愿陛下明察。”但是此事竟被搁置。