由于如此的历史传统和深厚的专业底蕴，几经数代人的努力，针灸学科从85年起就被确认为省级重点学科，1989年曾成为江苏省属高校中的国家级重点学科， 1994年针灸学实验室成为江苏省首批省级重点实验室之一，1995年国家人事部在本学科设立博士后流动站，2000年针灸学重点实验室通过国家中医药管理局三级科研实验室验收。2001年被评为国家中医药管理局针灸学重点学科建设单位和江苏省重点学科，2004年成立的针药结合实验室又被江苏省教育厅确认为国家级重点实验室培育点。而局级重点学科建设更于2005年5月已通过国家中医药管理局中期检查。

多年来第二临床医学院以针灸重点学科为龙头，不断拓宽专业方向，在人材培养、教材建设、师资培养、文献整理、临床医疗、科学研究及外事教学等方面做出了显著成绩，处于国际、国内的领先地位。

长期工作中，为了更好地适应知识经济时代的发展需要，培养更具有中国文化底蕴、拥有现代科技发展的知识结构、具有创新与发展的外向型、复合型人才，第二临床医学院开展了全面的教学改革，对课程设置和教学方法进行了一系列大胆的构想与实践，已形成了一定规模的针灸推拿、中医营养与食疗、中医养生康复教学优势和特色。

教学管理方面，结合针灸推拿、中医美容、运动医疗保健、营养与食疗、中西医结合康复学等教学实践性强的特点，一方面抓好教材建设，重视直观化、形象化教学，注意引入先进的多媒体教学手段。一方面注重基础教学，为学生早临床、多临床做了大量工作，教学和实习医院逐渐完善和规范化。现有临床见习、实习基地（医院）80余所。使学生5年的临床总见习、实习时间达18个月。

学生工作方面，学院一直以培养和造就素质高、能力强、层次优的学生为目标，积极探索教书育人的新思路、新方法，立足制度创新、方法创新、活动内容和形式创新，有效实施学生教育、管理和服务工作。基于该院专业技能性强的特点，确立并贯彻“驱浮戒躁、苦练内功，提升专业素养，提高专业技能”的学生工作指导思想，努力营造“‘推’陈出新、‘针’创一流、 与‘食’俱进、‘康’‘健’完‘美’”的二临文化。

学院发展过程中，一贯重视科研与开发工作。学院针灸研究所下设的分子生物学研究室、电生理研究室、组织形态研究室、生物化学研究室、同位素室和针灸临床研究室等，具有较为完备的研究设施，承担多项国家级、省级科研课题，是省内最大的针灸研究机构和国内为数不多的开放性针灸实验室。

近三年承担了国家自然科学基金项目、部局级、和省厅级科研课题40余项。获省部级科技进步奖三项。尤其是部分针灸临床研究方面在国内外处于领先地位。其中针灸减肥、针灸治疗中风、针灸治疗慢性萎缩性胃炎、针灸治疗糖尿病、老年颤证、骨质疏松的临床及实验研究以及针灸延缓衰老等科研项目，均处于国内先进水平。

数十年来，第二临床医学院除学生工作、科学研究等工作取得了很大的成绩外，教学成果更是丰硕：为我国第一至第五版统编教材《针灸学》的主编单位，卫生部21世纪新教材《针灸学》（人民卫生出版社）主编单位，规划教材《刺法灸法学》、《推拿手法学》以及新世纪规划教材《针灸治疗学》、《实验针灸学》、《中医养生学》、《推拿手法学》、《中医药膳学》的主编单位和副主编单位。

《针灸学》课程为江苏省级一类优秀课程；《刺法灸法学》课程为江苏省级二类优秀课程；《实验针灸学》和《养生康复学概论》为校级优秀课程；《推拿学》获校优秀课程群称号；《针灸学》课程群获江苏省优秀课程群称号，并在被学校确定为“国家精品课程”建设课程的基础上，经两年多的建设和改革，2005年又被学校推荐申报国家教育部精品课程；而针灸推拿专业更被江苏省教育厅确认为省级特色专业建设点。

另外，据不完全统计，自1982年以来，全院教职工在国际和国家级各类学术刊物发表论文500余篇、出版著作100余部。其中承担了20余部全国性教材的编写工作、出版了2套面向21世纪的针灸、推拿学自编教材以及出版针灸推拿多媒体教学光盘多部。

在国内，第二临床医学院还承担了省教育厅下达，面向社会的针灸推拿培训的非学历教育，并配合学校外事部门，承担了各种长、短期外国进修生、研究生的针灸推拿专业课教学。为学校创收和国内外人才培养做出了贡献。

五十年代末期，学科点开始接收留学人员，并于1983年成为首批世界卫生组织传统医学合作中心及国际针灸培训中心，至今已为90个国家和地区培养了7000多名针推专业人才。

由于针灸推拿是中医走向世界的排头兵，所以，在南京中医药大学国际合作和对外交流方面，第二临床医学院同样扮演着极为重要的角色，是南京中医药大学对外交流的重要窗口。近十多年来，该院针灸、推拿、养康、气功等方面的数拾名专家学者被先后派往新加坡、泰国、意大利、日本、墨西哥、加拿大、韩国、德国、瑞士、英国、美国及香港、澳门、台湾等地开展教学、医疗和合作科研等学术交流，取得了圆满的成功。同时，经常接待来访的各国医学界同行和专家而国际交流与合作的结果，也为第二临床医学院教师队伍中培养了大批的专业外语人才，许多老师已具备了用英语、日语、德语进行学术交流的能力。

随着“十五”规划的落实和“十一五”规划的制订，新一届第二临床医学院领导率领全院师生正在抓住仙林新校区建设和发展的契机，借国家教育部对南京中医药大学本科教学水平评估的东风，以饱满的工作热情，奋力拼搏，开拓创新，创造着更加辉煌的业绩。

“十一五”期间，该院在学科建设方面，还将以针灸推拿重点学科建设为龙头，带动其他学科建设工作。针灸推拿重点学科更将进一步做好国家中医药管理局局级重点学科建设单位和江苏省高校国家级重点实验室培育点（针药结合实验室）的建设，使之成为本学科领域国内领先的科研、教学、临床和国际交流基地。

“十一五”期间，该院在专业建设方面，还将在进一步在稳固原有办学规模基础上，加强内涵建设，优化办学结构，提高办学质量和效益，着重以提高教学质量为先导，以加强专业建设为重点，主动适应经济全球化和社会主义市场经济的要求，理顺关系、强化管理、解放思想、开拓进取。切实做好针灸推拿专业省级高校特色专业建设点的建设，并辐射到其他专业。到“十一五”期末把该院建设成为全国针灸推拿、中医康复、美容等专业人才培养的重要场所，针灸推拿学与其他学科协调发展的基层单位，为学校全局工作做出应有的贡献。