南京五军都督府，明朝官署名。明朝南京军政衙门之一。永乐十八年(1420)迁都北京后，以原南京行在五军都督府为五军都督府，留南京之五府，加“南京”二字。洪熙元年(1425)复以南京为京师，遂去“南京”二字。正统六年(1441)再定以北京为京师，原留南京之五府，仍加“南京”二字，遂成定制。