1945年，抗日战争胜利，中央大学于1946年6月迁返南京。

1949年8月8日，国立中央大学改名为国立南京大学。同年更名为南京大学，下设理学院等六个学院，理学院下设数学、物理、化学等八个系。

金陵大学的前身是美国基督教会美以美会于1888年创办的汇文书院。

1910年2月，汇文书院与宏育书院合并，建立私立金陵大学堂。1914年将文科所属科目分成四组，每组以系命名。有语言学系、社会学系、数理学系、宗教学系。其中数理学系包括数学、物理、化学、生物、天文、矿质等科目。

1921年，文科改为文理科。

1930年，金陵大学成立文、理、农三学院。理学院设数学、化学、物理、等系。

1932年，金陵大学成立化学研究所。

1936年，化学研究所改建为理科研究所化学部。

1937年，全面抗战开始，金陵大学于1938年2月迁至成都华西坝。

1946年4月，抗战胜利，金陵大学开始迁返南京。理学院设有数学系、化学系、物理系、化学工程系、及化学研究所等。

1951年9月，私立金陵大学与金陵女子文理学院合并，成立公立金陵大学，设文、理、农三学院。理学院有数学系、物理系、动物学系、化学系、化学工程系、电机工程系等。

1952年7月26日，中国开始全国性的高等院校调整，南京大学与金陵大学文、理学院等合并，组建成南京大学。12月，参照苏联模式，设置专业。化学系设有机化学、胶体化学、物理化学、分析化学四个专业。

1958年，化学系增设了放射化学专业。

1960年，化学系增设高分子化学专业。

1961年10月，高等教育部调整全国重点高校规模和专业设置，化学系下设化学（由无机化学、有机化学、分析化学、物理化学专业合并而成）、高分子、原子能化学三专业。

1963年9月，成立南京大学络合物研究室。

1966年至1972年，“文化大革命”期间停止招生。

1972年4月，恢复招生，第一批工农兵学员进入化学系学习，学制为三年，共招收5届。

1978年、1983年，络合物研究室相继改建为络合物研究所、配位化学研究所。

1979年，化学系原有专业合并为化学、高分子两专业。

1980年，化学系高分子专业更名为高分子合成材料专业。

1984年，南京大学应用化学研究所成立。

1985年初，新建化学楼正式启用，各专业从西大楼、东大楼、东北楼迁入化学楼。

1986年，化学系增设应用化学专业。

1989年，中国国家计委批准筹建配位化学国家重点实验室，并于1991年通过国家验收并正式对外开放。

1991年，中华人民共和国教育部同意在化学系创建国家基础科学人才培养基地。

1993年5月19日，经学校批准，化学系组建成化学化工学院，下设化学系、高分子科学与工程系和化工系。

1996年，南京大学亚微观固态化学研究所成立。

1997年，国家863计划新材料MO源研究开发中心和南京大学表面和界面化学工程技术研究中心成立。

1999年，南京大学分析科学研究所和南京大学高分子工程材料研究中心成立。

2000年，南京大学表面和界面化学工程技术研究中心被确认为江苏省省级工程技术研究中心。

2001年，南京大学理论与计算化学研究所和南京大学分离工程研究中心成立。教育部批准筹建南京大学教育部介观材料科学重点实验室。

2002年2月，南京大学教育部国家基础科学人才培养基地正式挂牌，化学化工学院成为培养基地之一。

据2018年8月学院官网显示，学院设有3个系，开办2个本科专业。

系：化学系、高分子科学与工程系、化工系

本科专业：化学、应用化学

截至2017年9月，学院拥有1个博士后科研流动站。据2018年8月南京大学官网显示，化学化工学院拥有学术学位一级学科博士点1个、学术学位二级学科博士点9个。据《南京大学2018年硕士研究生招生简章及招生目录》显示，化学化工学院拥有学术学位一级学科硕士点1个、学术学位二级学科硕士点7个、专业硕士学位授权领域1个。据2018年8月化学化工学院官网显示，学院拥有1个国家级重点一级学科、2个世界一流学科建设。

博士后科研流动站：化学

学术学位一级学科博士点：化学

学术学位二级学科博士点：无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、高分子化学与物理、化学生物学、理论与计算化学、药物与临床化学、绿色过程化学

学术学位一级学科硕士点：化学

学术学位二级学科硕士点：无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、高分子化学与物理、理论与计算化学、应用化学

专业硕士学位授权领域：化学工程

国家级重点一级学科：化学

世界一流学科建设：化学、化学工程与技术

学院化学学科在2003、2009、2012年由教育部组织的全国一级学科评估中，分列第二、第三、第二名。

在中国教育部学位与研究生教育发展中心公布的全国第四轮学科评估中，学院化学学科被评为A-。

据2018年8月学校官网显示，学院有教职工240人，其中教授101人，副教授 54人，博士生导师92人。教师队伍中有中国科学院院士4人（专职）、中国科学院院士1人（兼职），国家杰出青年基金获得者19人，国家优秀青年基金获得者5人，国家级教学团队2个。

中国科学院院士（专职）：程镕时、陈洪渊、陈懿、郭子建

国家杰出青年基金获得者：黎书华、朱俊杰、徐静娟等

国家级教学团队：物理化学教学团队、化学实验课教学团队

据2018年8月学校官网显示，学院拥有1个高等学校基础课实验教学示范中心、1个基础学科拔尖学生培养试验计划、1个国家基础学科人才培养基地、1个国家级实验教学示范中心、1个国家级特色专业；拥有国家级精品课程5门、国家级精品资源共享课2门。

高等学校基础课实验教学示范中心：国家级化学实验教学示范中心

基础学科拔尖学生培养试验计划：化学

国家基础学科人才培养基地：化学

国家级实验教学示范中心：国家级化学实验教学示范中心

国家级特色专业：化学

国家级精品课程：物理化学、大学化学实验、仪器分析、综合化学实验等

据2018年8月学校官网显示，基础学科（化学）人才培养基地在1999年和2004年全国理科基地评审中均获得“优秀基地”称号；近年来，学院先后荣获国家级教学成果二等奖2项；学生在校期间多人次获全国大学生挑战杯大赛特等奖、全国青少年科技创新奖、全国大学生自强之星标兵等一系列荣誉和奖励；学院毕业生中有一大批在中国国内外高水平大学、科研机构和企事业单位中成为领军人才，其中国家杰出青年基金获得者40余名。

据2018年8月学校官网显示，学院拥有2个国家重点实验室、2个教育部重点实验室、1个国家863计划研究开发中心、1个江苏省工程技术研究中心、2个校级研究中心、7个院属研究所，参与“南京微结构国家实验室”筹建工作。

国家重点实验室：化学国家重点实验室、生命分析化学国家重点实验室

教育部重点实验室：介观化学教育部重点实验室、高性能高分子材料与技术教育部重点实验室（B类）

国家863计划源研究开发中心：国家863计划新材料MO源研究开发中心

江苏省工程技术研究中心：江苏省表面和界面化学工程技术研究中心

校级研究中心：南京大学高分子工程材料研究中心、南京大学分离工程研究中心

院属研究所：配位化学研究所、应用化学研究所、理论与计算化学研究所、亚微观固态化学研究所、分析科学研究所、化学生物学研究所、药物化学研究所

据2018年8月学校官网显示，学院近年来承担和完成了一大批国家科研课题和科技开发项目，每年获得的科研经费超过1亿元，发表SCI学术论文500余篇；基本科学指标数据库（Essential Science Indicators）显示，化学学科论文总数和被引总数在全球科研机构中排名第16和28，继续位居全球前1‰；先后荣获包括国家自然科学二等奖、国家科技进步二等奖在内的国家级及省部级奖励80余项。

《无机化学学报》由中国化学会主办，编辑部设在南京大学化学化工学院化学楼。报道中国无机化学领域的基础研究和应用基础研究的创新成果，内容涉及固体无机化学、配位化学、无机材料化学、生物无机化学、有机金属化学、理论无机化学、超分子化学和应用无机化学、催化等，着重报道新的和已知化合物的合成、热力学、动力学性质、谱学、结构和成键等，设有综述、研究快报及论文等栏目。

《无机化学学报》为美国《科学引文索引》（SCI）网络版、美国《化学文摘》（CA）、《中国学术期刊文摘》（中、英文版）、《中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）》、《中国科学引文数据库》、《中文科技期刊数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、中国台湾华艺《中文电子期刊服务》等中国国内外多种检索刊物和文献数据库摘引和收录。

学院注重广泛开展国际学术交流与合作，与中国国内外多所著名高校、科研机构和知名企业建立了长期的交流合作关系，成功主办了一系列中国国内外高水平学术会议。为了促进学院师生与化学各领域内的知名学者之间的学术交流，开阔本科生和研究生的学术视野，学院设立了“南京大学戴安邦学术讲坛”和“名师讲坛”，邀请了一大批中国国内外知名学者来院讲学和开展学术交流。

学院院徽中间为正六边形、正三角形与化学仪器设施等元素构成的艺术图案，外环为学院中英文名称。

学院办有学生会、研究生会、蒋雯若爱心社等学生组织。

学生会举办有迎新晚会、化学文化节等活动；研究生会旨在为全院师生创造良好的学术和生活环境，营造良好的学术和文化氛围；蒋雯若爱心社是为纪念化学化工学院校友蒋雯若女士成立的，在校内校外开展了支教、敬老、科普宣传、校园服务等各类公益活动，同时也为各类大型赛事提供相应志愿服务、在寒暑假期组织开展社会实践活动。