主要从事盐沼－盐土生态系统与系统分析研究、耐盐植物生态工程和盐土农业生态学研究；耐盐经济植物的育种筛选及综合利用研究；耐盐植物细胞工程和植物耐盐机理研究；以及微生物生物多样性和功能群的研究等诸多领域，取得了丰硕的成果和巨大的经济、社会效益，先后获全国科技大会奖、国家科技进步二等奖、省滩涂调查特等奖、国际生态工程杰出贡献奖等多个大奖。

该所正承担11.5科技支撑项目“耐盐油料植物研究”、11.5科技支撑项目“海滨湿地保护与修复研究”以及江苏省“盐土生物质能研发”等多个项目。