南京大学计算机学科起源于历史悠久的南京大学数学系，1956年开始计算机教学与研究工作，1958年成立计算技术专业，1978年在计算技术、计算数学、数理逻辑等专业基础上成立南京大学计算机科学系，1993年更名为南京大学计算机科学与技术系。半个多世纪以来，几代南大计算机人秉承优良传统，不断开拓创新，在学科建设、人才培养、科学研究、国际交流等方面都取得了显著的成就。

在以中国计算机学会终身成就奖获得者徐家福教授、中国科学院院士孙钟秀教授为代表的老一辈学术带头人和系党政领导班子的带领下，南京大学计算机学科在历史上取得了辉煌的成就。例如，在上世纪60年代调试成功了当时国家高等教育部所属高校第一台计算机，实现了我国第一个高级语言编译系统；70年代分别主持了国产DJS-210中型计算机、XCY通用系统程序设计语言、XT-1操作系统等软件系统的研制；80年代研发了国内第一个分布式系统ZCZ、国内第一个软硬件结合的并行推理系统NDPIS等。1981年建立了国内最早的“计算机软件与理论”博士授权点，在这里培养出中国大陆第一位计算机软件博士，1987年被批准设立“计算机科学与技术”博士后流动站，1988年“计算机软件与理论”首批入选国家重点学科，1992年“计算机应用技术”获批博士授权点，1998年获批建立“计算机科学与技术”一级学科博士学位授权点。计算机软件新技术国家重点实验室于1986年通过专家论证并于1990年建成开放。为进一步发展奠定了坚实的基础。