南京工业大学站位于浦口区新城总部大厦对面，在浦口大道与新浦路交汇处西侧，为地下二层岛式车站，呈南北走向，负一层为站厅层，负二层为站台层，车站总建筑面积为12023.9平方米，其中，主体建筑面积为8370.4平方米，附属建筑面积为3653.5平方米。