2001年，南京市民俗博物馆被市委、市政府列为爱国主义教育基地。同年5月17日，南捕厅历史街区传统民居保护项目正式立项，南捕厅历史街区传统民居保护项目位于南京老城南闹市区，东起中山南路，西至大板巷，北到南捕厅，南至观音庵、定盘巷。同年8月4日，一期工程的拆迁工作正式开始，10月20日结束。

2002年，南捕厅三组建筑经过一年的闭馆维修后，重新开放甘熙故居，“甘家大院”的俗称开始在民间口耳相传。

2006年，甘熙故居被国务院批准为第六批全国重点文物保护单位，并正名为“甘熙宅第”。同年，甘熙宅第后期修缮及环境整治工程正式启动。

2007年，除原来的南捕厅建筑，文物部门又修复了大板巷42、46号古建筑，复建了津逮楼和“小园”，增建了“小园”的长廊和水榭，并在保护范围内保留、修复了一栋优秀的民国建筑——听秋阁。

2007年，6月18日，甘熙宅第完整重现了历史原貌。

2010年1月，为了全方位地展示南京的非物质文化遗产，保护和传承南京的非物质文化遗产资源，市文广新局决定在南京市民俗博物馆增设南京市非物质文化遗产馆，建立全国首家民俗、非遗“双博馆”。

2023年7月18日，南京市民俗博物馆举办基本陈列改造竣工暨“时代匠心——南京青年民间艺术家创作展”开展仪式。为让博物馆更好地融入人民美好生活，南京市民俗博物馆于2023年初实施基本陈列改造项目，历时四个多月施工布展后重新开放。150余件馆藏文物精品在2000多平方米的多进穿堂式特色展厅中全新亮相。这是南京市民俗博物馆自1992年建成开放以来，规模最大的一次基本陈列提升改造。

南京市民俗博物馆位于南京市秦淮区南捕厅15、17、19号和大板巷42号的一座三组五迸穿堂式古建筑群，即甘熙故居。该建筑群占地面积14060平方米，距今已有180余年历史。故居中营造假山鱼池，广植花卉树木。假山顶上建“茅亭”，在山上俯看整个建筑群，居高临下，曲廊回环、庭园幽深，布局结构合理典雅。

甘熙故居是清代著名文人、方志学家甘熙的故居，占地面积近万平米。俗称“九十九间半”，与明孝陵、明城墙并称为南京市明清三大景观，具有极高的历史、科学和旅游价值，是南京现有面积最大，保存最完整的清代民居建筑群。在南京甘熙故居的多进穿堂式民居，俗称为“九十九间半”，甘熙故居其实总共有房间一百六十二间。

民居以木结构为承重体系，用抬梁和穿斗的构架承受屋面和楼面重量，以空斗墙或砖石砌墙来围护及分隔空间形成建筑，民居的基本单位为间。用三—五间的单数横向连成建筑物称为落，落与正面庭院组成进，多进的纵深串联再以高围墙封闭组成住宅，这就是通常所指的一落多进的住宅。甘熙故居就是这样横向组成的四落五进的大宅院。

甘熙故居的布局，严格按照封建社会的宗法观念及家族制度而布置，讲究子孙满堂、数代同堂，这些意识反映在建筑上致使大宅的规模庞大、等级森严，各类用房的位置、装修、面积、造型都具有大致统一的等级规定。

甘熙精研金石地学，擅长风水勘舆、星相之术。其故居朝向上坐南朝北，建筑上坐南朝北，以感念先祖，不忘祖宗。故居内大小天井多达35个，据说有水井、窨井32个，目前发现的10多个水井，有的在天井中、有的在房间里、有的在檐口下、有的在门槛边，很好地解决了房屋的通风、采光以及上下水等问题，屋面檐口下的水槽让雨水从暗沟流向院内天井，起到“四水归明堂，肥水不外流”的作用。

故居的布局严谨对称、主次分明、中高边低、前低后高、循序渐进，步步推向高潮。每落位于主轴线上的明间较两侧的开间略大，而整个住宅的入口位于正落中间。正落沿纵深轴线布置的各种用房按顺序排列是：一进门厅，二进轿厅，三进正厅，四、五进为内厅等。布置在边落中的建筑无论在开间的面宽和总的间数等各方面都较正落为小，正落与边落间有通长的备弄。一般情况下，边落中各进的平面与正落不完全相同。边落中轴线是不完全贯通的，各进厅堂要经过备弄和天井才能进入。大宅布局上强调中央轴线的突出地位，是封建社会生活方式和意识形态的反映。

甘熙故居并非徽派建筑，也不是完全的苏式建筑，而是和南京本土的高淳、六合等地一样，有着南京自己的建筑风格，如门楼装饰较素，显得简朴大方，封火墙特别高大注重实用等，整个建筑反映了金陵大家仕绅阶层的文化品位和伦理观念。

南京市民俗博物馆从1992年建馆起，就立足于南京传统民间民俗文化的保护，开展了一系列展示民间民俗文化的活动，充分发挥了博物馆应有的作用。南京市民俗博物馆是研究、展示、保护南京民俗文化以及南京非物质文化遗产的专业性博物馆。

2023年改造完成后，南京市民俗博物馆设有“金陵名宅 书礼传家——甘熙宅第历史文化展区”“金陵瑰宝 世续繁华——南京非物质文化遗产展区”和“金陵繁会 城南遗风——老南京民俗展区”等三大展区，聚焦甘煕宅第历史故事、非遗传承保护、传统民俗等方面内容，是保护、传承、弘扬南京民俗文化和非遗技艺的重要公共文化服务阵地。

展示了南京民俗文化，有照片、实物、影像等陈列。

此外，老南京纳采、问名、纳吉、纳征、请期、亲迎的婚嫁民俗也在这里以各种实物的形式体现出来，观众还可乘坐花轿互动。

《南京工业遗产》由南京出版社出版于2012年5月，全书280千字，230余幅图片。由南京市民俗博物馆副研究员徐龙梅与父亲共同编著。

《金陵甘氏考》由甘櫯编著 ，全书注重史实，考辨严谨，倡以人文，述论兼合，论从史出。通篇无华丽之辞，忌俗庸之语；平实而真朴，哲析而理逮，诚为研究金陵甘氏历史文化之佳作。

南京市民俗博物馆建成开放以来，一直有多位国家领导人，如原国家副总理吴仪、原中央领导李岚清，原外交部部长杨洁篪等前往参观，当然还有不少名人也慕名前来，如著名表演艺术家梅葆玖、建筑界泰斗吴良镛等。同时该馆历年来也举办了各种各样的文化活动。

1、2012年9月30日，在南京市民俗博物馆开展以“拜月赏桂庆团圆”为主题的中秋节活动，旨在让前来参观的观众度过一个温馨、快乐的中秋佳节。

2、2012年10月23日，以“敬老、爱老、步步高”为主题的重阳节活动，在南京市民俗博物馆成功举办，活动当日大批老年观众免票参观游览，大家度过了一个温馨、愉悦的重阳佳节。

3、2012年12月16日上午，中美媒体交流团一行参观南京市民俗博物馆。

4、2013年2月26日，著名作家、学者，历史学家易中天先生莅临南京市民俗博物馆。

5、2013年4月27日，南京市民俗博物馆临时展厅《严凤英艺术生涯史料展》展出，展期两个月，向观众展现出“黄梅戏造就了严凤英，严凤英发展了黄梅戏”这一陈列主题。

6、2014年1月1日至2月18日，吴江博物馆藏清代《天神图》展在南京市民俗博物馆展出。让观众了解认识中国特别是江南地区民间神祇信仰文化。

7、2014年7月23日至8月20日，《清风徐来——盐城市博物馆馆藏扇面展》，在南京市民俗博物馆临时展厅展出，30多幅清代扇面作品，形制多变，内容丰富。

8、2015年10月9日至16日，“繁花似锦——‘金陵神剪张’三代剪纸展”在南京市民俗博物馆展出，本次展览共展出南京剪纸传承张氏谱系核心人物张吉根老师及其子张方林、女张林娣、孙张钧、外孙欧坚三代五人共102件剪纸作品。