1989年，南京长途汽车东站投入运营。

2003年1月，南京市长途汽车东站将高科技的录像取证手段用于打击车站内的“黄牛”。

2015年4月28日，位于南京长途汽车东站的南京旅游集散中心正式投入运营。

2017年春运起，南京长途汽车东站支持微信购票并开设了微信购票专窗。

2020年，南京长途汽车东站停止运营，所有车辆调整至南京汽车客运站（小红山客运站）。

2020年，南京长途汽车东站恢复运营，复班首日，预计有15条班线、102个班次在长途东站配载。其中包括发往无锡、常州、镇江、泰州、泰兴、苏州、张家港、扬州西站、江都、高邮、宝应等班线。