1946年11月22日，南京震旦中学为避免与扬州震旦中学校名重复，改为南京私立弘光中学，并增设高中部。 1949年时，学校有七个班（初中4个，高中3个共163人）。

1951年5月28日，中国人民解放军南京市军事管制委员会发布命令，责令市公安局对破坏中央政府法令，从事反动活动的六名外籍传教士分别作出驱逐出境和限期出境的决定，同时又责令南京市文教局接办私立弘光中学，并改为“南京市第九中学”。

1959年，学校发展到34个班（初中20个班、高中14个班），当年初评为江苏省重点中学。

1960年5月初，被评为全国教育系统，社会主义建设先进单位，出席全国文教群英会。60年代曾有十几名优秀毕业生被清华、北大录取。

1968年12月，南京市革委会决定将学校下放到栖霞区八卦洲办学，并将南京市二十五中搬至九中校址办学。

1974年，延安中学并入二十五中。

1979年，南京市革委会，批准在原南京九中校址恢复“南京市第九中学”，撤消二十五中校名。学校当时有52个班，高中27个班、初中25个班。

1984年，学校被市委、市政府命名为南京市社会主义精神文明建设先进单位。

1985年，学校被市教育局命名为文明学校。

1986年，学校被南京市玄武区政府命名为文明单位。

1995年，南京市政府批准南京市第九中学为东南大学附属中学。

2002年7月，南京市新宁中学初中部并入南京九中，命名为南京市东南中学，为“南京九中北校区”。

2004年7月，南京理工大学附属中学并入该校，命名为南京九中震旦校区。

2005年7月，南京市在银城东苑新建一所初级中学交给南京九中办学，命名为南京九中弘光校区。

2011年8月，南京九中、九中初中部和九中弘光校区分设，并成立了九中教育集团，弘光校区独立为南京市弘光中学。

2012年4月，南京九中长江路校区和震旦校区又进行了实质性的合并，九中高中部“一校两区”的格局正式形成。

2014年，南京九中的长江路校区为高一、高二年级，震旦校区为高三年级。

碑亭巷校区

根据2018年11月学校官网显示，碑亭巷校区建有两幢教学楼，另有实验楼、篮球馆、文艺楼各一幢，有建筑面积达8000多平米的食堂及学生宿舍综合楼，宿舍每间住四人，有卫生间、太阳能热水器、空调、写字台，有数字化物理实验室和数字化化学生物实验室。

震旦校区

根据2018年11月学校官网显示，震旦校区拥有近10000㎡的教学大楼和300米环形塑胶跑道的全天候运动场，学校图书馆是省一级图书馆。

学校设有信息中心，负责全校的信息化建设工作，有计算机教室3个，通用技术室2个，班班都是多功能教室，演播厅1个，监控室2个，能容纳二百余人的报告厅2个。

学校于2000年建成有线网络，覆盖学校所有教室和办公室，2012年，获得首批青奥学校建设项目，建成智能无线校园网络，形成有线无线双覆盖，同年，全市数字化校园建设与评估首批合格学校。

根据2018年11月学校官网显示，学校有两个校区，校园面积102亩，其中碑亭巷校区42亩、震旦校区60亩，学校共有46个教学班，在校生2200名。

根据2018年11月学校官网显示，学校专任教师中97%以上教师具有大学本科及以上学历，其中取得硕士生学历的教师29名，教育硕士26人，具有硕士水平人数占28.5%。在职特级教师4人，江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人1名，91名教师被评为省、市、区名师、学科带头人、优秀教师，市级以上骨干教师29人，占15%，区级以上骨干教师62人，占32%。高级职称教师86人，占44.6%；中级职称72人，占37.3%。先后有15个教研组被评为市区先进教研组。

特级教师：钱逸瑞、张德举、王伏才、袁源

江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人：袁源

高考

2018年高考，高三参考人数719人，二本硬达线710人，本科达线率98.7%。一本总达线人数470人，达线率65.4%，超奋斗目标93人。本一达线人数、推进率和超标人数在全市同层次学校通遥领先。自主招生通过人数全市第七，综合评价初审通过人数全市第六。英才精英班最高分396分，全体学生均超本一线，370分以上30人。

艺体类高考方面，文艺班36位同学全部被中央音乐学院、上海音乐学院等著名艺术院校录取；7位校篮球队队员均被厦门大学、中南大学等著名高校录取。另有多名同学已接到帝国理工学院、悉尼大学、奥克兰大学等世界著名大学的录取通知书。

2017年高考，高三普通类文化参考602人，二本硬达线600人，本科达线率达99.7%。一本总达线人数333人，达线率53.4%，超奋斗目标39.4%，在全市遥遥领先。本一、本二达线人数、达线率和推进率均名列南京市前茅。

2016年高考，全体考生人数661人，二本以上达线人数545人，占82.5%。其中普通类文化参考人数593人，二本硬达线477人，占80.4%，普通类文化达线人数超南京市下达指标102人，其中高三14班 张琪（文科）以总分395分在全省排名224名。英才班二本达线率100%，一本达线率88%。艺术类44人，双达线43人。高水平运动员10人全部被华东师范大学、南京理工大学、南京航空航天大学等知名高校录取。15人被被美国、德国等国外知名高校录取。

2015年高考，学校考生人数655人，二本以上硬达线人数512人，二本上线率78%，其中普通类文化参考人数591，二本硬达线429人，占72.6%；普通类文化达线人数超南京市下达指标95人，在市区排名第一；艺术类60人，双达线58人，高水平运动员13人均被南京航空航天大学、南京理工大学、南京邮电大学等高校录取，12人被被美国、德国等国外知名高校录取。

2014年高考，学校二本以上硬达线人数425人，二本上线率75%，其中普通类文化二本硬达线341人，艺术类63人，其中公办本科一小批43人；高水平运动员9人全部被南京航空航天大学、南京理工大学、南京邮电大学等高校录取；12人被被美国、德国等国外知名高校（美国密苏里大学、美国明尼苏达大学、美国内华达大学拉斯维加斯分校、新西兰UNITEC理工学院、德国杜伊斯堡-埃森大学、加拿大阿尔伯塔大学、加拿大哥伦比亚大学、美国弗吉尼亚理工大学、美国田纳西大学、美国亚利桑那州立大学、美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校、英国东英吉利大学）录取。

2013年高考，学校达公办本科资格线464人，本科上线率77%，普通类304人，艺术类59人，其中公办一小批36人；高水平运动员7人（分别被北京大学、南京理工大学、南京工业大学、苏州大学录取），出国7人（被美国的普渡大学、德国的亚琛应用技术大学等国外知名高校录取）。

技能竞赛

2015年12月5日下午，九中合唱团参加“南京市中学生一二·九合唱比赛”获得特等奖。

2015年11月21日—24日，南京第九中学篮球队参加中国高中男子篮球联赛江苏赛区（全省共有8支球队参赛）比赛，该校篮球队获得冠军。

2015年11月7日，南京市第九中学参加南京市中学生国防知识竞赛，并获得南京市二等奖。

2015年8月2日至7日，南京市第九中学在江苏省青少年校园篮球联赛总决赛暨第二十二届中学生篮球锦标赛高中组中获得冠军。

2014年11月29日，该校合唱团在“南京市中学生一二﹒九合唱比赛”中获得了中学组特等奖第一名。

2014年11月24日，南京市第九中学在2014-2015年中国高中篮球联赛中获得江苏赛区的冠军。

2014年10月29日，在南京市玄武区第四届青年风尚节闭幕式上，南京市第九中学的民乐团获得该届青年风尚节魅力艺术奖，FreeStorm舞团获得灵动舞姿奖，模拟联合国社团、舒雅轩手工社、R&W动漫社、缇香美术社获得最具潜力奖，该校还获得此次风尚节的最佳组织奖。

2013年11月，该校男篮在2013-2014中国高中篮球联赛中获得江苏赛区冠军。

2013年4月2日，在玄武区“五四辩论赛”决赛中，该校的王一凡同学被评为玄武区“五四辩论赛”最佳辩手。

2013年2月，在中国第四届中小学生艺术展演活动上，该校民乐团演奏的《延河随想》荣获一等奖。

学科竞赛

2015年10月，该校高三年级葛任洁同学获得全国中学生生物联赛三等奖，该生在同年8月荣获江苏省中学生物学科奥林匹克竞赛一等奖。

2014年11月，该校的陆宏宇同学在全国化学竞赛中获得江苏省一等奖，于天源同学在全国物理竞赛中获得江苏省一等奖。

在第26届全国高中学生化学竞赛（江苏赛区）暨2012年度江苏省中学生化学学科奥林匹克竞赛中，该校刘雨田、张睦瀚、刘晨磊、孟川同学获得二等奖，毛明强、刘宇、杨天成获得三等奖。

在2015年江苏省“师陶杯”论文评选活动中，该校张蓉老师的论文《“半翻转课堂”教学探索与实践》荣获特等奖。

在2015年南京市教育系统关工委老园丁广播体操比赛中，史远浩老师带领该校三十位老教师获得第一名。

在南京市2014年高中语数外教师解题能力测试中，该校张蕾、张晨、杜明明、李净、吴红霞、施晓璐、戴天老师获得一等奖，于胜玥、张佩林、潘燚云、宗园、何茜、陆昕老师获得二等奖。

在2012年南京市玄武区青年教师教学基本功高中生物组比赛中，该校高中生物组邹晓实、张烨两位老师获得二等奖，郭成老师获得三等奖。

2012年11月，该张佩林、王艳飞两位老师的两篇教案《如何指导子女切实的行动实现合理的期待目标》及《家长与学校要加强沟通合作》获得江苏省家长学校优秀教案三等奖。

1984年，学校被市委、市政府命名为“南京市社会主义精神文明建设先进单位”，被市教育局命名为“文明学校”；

1993年，学校获“省模范学校”、“省德育先进学校”等光荣称号；

1995年，学校被批准认定为南京市首批合格重点中学；

1996年，学校被省教委正式命名为江苏省重点高中；

1997年，学校获“省文明单位”，2001年获“省学校艺术教育先进工作集体”；

1999年，学校省教委确认九中为国家级教育示范性省级重点高中；

2006年，学校被评为“南京市绿色学校”；

2009年11月，学校被评为“玄武区禁毒教育示范校”；

2010年，学校被国家教育部命名为“全国学校艺术教育先进单位”；

2012年5月，学校获“平安校园”称号；

2012年11月，学校被江苏省教育厅命名为“江苏省音乐课程基地”；

2013年11月，学校被命名为“南京市青奥示范学校”；

2021年11月23日，南京市第九中学（传承项目民族民间音乐）入选第三批全国中小学中华优秀传统文化传承学校名单；

2022年4月，南京市第九中学团委荣获”江苏省五四红旗团委（团工委）“称号。

校训：博雅尚美

校风：勤奋求实，团结进取

学风：严勤专恒

教风：严 实 活

校歌：

举起火炬，点燃星光，走进神圣的课堂，刻苦钻研，全面发展，凝聚知识的力量。今天是九中校园的芳草。明天是祖国大厦的栋梁，今天是九中校园的芳草，明天是祖国大厦的栋梁。同学们，同学们，去迎接新世纪的辉煌！同学们，同学们，去迎接新世纪的辉煌！

依偎钟山，拥抱长江，加入时代的交响，勤奋求实，团结进取，培育崇高的理想。今天在六朝古都中探索。明天在广阔天地中飞翔，今天在六朝古都中探索。明天在广阔天地中飞翔。同学们，同学们，我们是跨世纪的希望！同学们，同学们，我们是跨世纪的希望！我们是跨世纪的希望！

截至2015年，南京市第九中学共建有学生社团12个。

校长、党总支副书记：陈晓健

党总支书记：张翼飞

副校长：吴昊、司璐璐、范铁铭、金玉明

校务委员：郭成

校长：张翼飞、林啟红、张恒柱