1963年，经国防科工委同意，自动控制及无线电系（一系）调整为航空无线电系（一系）和航空特设与自动控制系（四系）。

1965年9月16日，国防科工委批复全院系的建制再次将无线电系、航空特设与自动控制系合并为航空仪表特设无线电设备系（四系）。

1966年6月，“文化大革命”开始不久，无线电系从四系分出独立。

1970年，广空和511厂军、工宣队进驻南航。11月10日全院体制大调整，系改称大队并建立专业连队。无线电系单独成立大队，航空特设系改称三大队。航空自动器专业为31中队，航空仪表与传感器专业为32中队，航空电机电器专业为33中队，陀螺仪表及惯性导航专业为34中队，特种工艺专业为35队。

1972年3月23日，全校体制调整恢复系的建立，航空特设系改称为三系。1972年底特种工艺专业离开三系后三系下设301教研室（航空自动器）、302教研室（航空仪表及传感器）、303教研室（航空电机电器）、304教研室（航空陀螺及惯性导航）和305教研室（自动控制原理）等教学实体，建有相关的实验室。

1977年，恢复高考招生，三系名称改为自动控制系，专业设置不变。

1978年12月，三系将各专业讲授电子线路课程的教师集中组建了微电子技术及应用（306）教研室，并建立了相应的实验室。

1985年5月，学校体制调整电工教研室有基础部转入三系教研室。继后，为适应长空无人机飞控系统等科研和研制工作组建了无人机控制（308）教研室、数字控制（309）教研室和自动化设备厂（特设车间），成立于1959年的第一研究室改称系统仿真技术（310）教研室。

1989年9月，学校决定检测技术与仪表专业（302教研室）调出三系与材料力学等合并组成测试工程系（14系）。

2000年10月，南京航空航天大学进行新的体制改革，实行校、院、系三级管理，测控技术与仪表专业又重新与三系组建了自动化学院。

据2020年2月学院官网显示，学院设4个系，开办5个本科专业。

系：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系

本科专业：自动化、电气工程与自动化、测控技术与仪器、生物医学工程、探测制导与控制技术

据2020年2月学院官网显示，学院有3个博士后流动站，3个一级学科博士点，12个二级学科博士点，15个二级学科硕士点，2个国家重点（培育）二级学科，3个江苏省一级重点学科，2个“十二五”江苏省优势学科一期、二期重点建设学科，2个南京航空航天大学“高峰学科”。

博士后流动站：仪器科学与技术、电气工程、控制科学与工程

一级学科博士点：仪器科学与技术、电气工程、控制科学与工程

二级学科博士点：精密仪器及机械，测试计量技术及仪器，电机与电器，电力系统及其自动化，电力电子与电力传动，电工理论与新技术，控制理论与控制工程，检测技术与自动化装置，系统工程，模式识别与智能控制，导航、制导与控制

二级学科硕士点：精密仪器及机械，测试计量技术及仪器，电机与电器，电力系统及其自动化，电力电子与电力传动，电工理论与新技术，控制理论与控制工程，检测技术与自动化装置，系统工程，模式识别与智能控制，导航、制导与控制，武器系统与运用工程，兵器发射理论与技术，火炮、自动武器与弹药工程，生物医学工程。

国家重点（培育）二级学科：电力电子与电力传动，导航、制导与控制

国防重点二级学科：电力电子与电力传动，导航、制导与控制

“十二五”江苏省重点一级学科：仪器科学与技术、电气工程、控制科学与工程

“十二五”江苏省优势学科一期、二期重点建设学科：电气工程、控制科学与工程

南京航空航天大学“高峰学科”：电气工程、控制科学与工程

据2020年2月学院官网显示，学院有教授、副教授123人，其中“长江学者”特聘教授2人，“长江学者”讲座教授2人，国家级教学团队1个。近五年新增“长江学者”特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家“万人计划”领军人才各1名、国家优秀青年基金获得者3名、教育部新世纪人才培养计划、中青年科技创新领军人才各1名、江苏省特聘教授1名、江苏省杰出青年基金获得者4人、柔性引进特聘教授1人等各项人才工程。

“长江学者”特聘教授长：姜斌、阮新波

国家级教学团队：“自动控制系列课程”教学团队

据2020年2月学院官网显示，学院设电子技术中心、电工技术中心；拥有1个国家级实验教学示范中心、2个教育部高等学校特色专业、2个国防特色专业、3个江苏省特色专业、1个江苏省品牌专业、1个江苏省实验教学与实践教育中心、1个江苏省实验教学示范中心；联合建设了1个国家级教学基地和1个国家级实验教学示范中心；有1门国家级精品课程，1门国家级双语教学示范课程。

国家级实验教学示范中心：电工电子实验教学中心（2007年）

国家工科基础课程教学基地：国家工科电工电子基础课程教学基地（1996年）

国家级精品课程：自动控制原理

国家级双语教学示范课程：控制系统工程

教育部高等学校特色专业：自动化、电气工程及其自动化

国防特色专业：自动化、探测制导与控制技术

江苏省高等学校特色专业：自动化、电气工程及其自动化、测控技术与仪器

江苏省高等学校特色专业建设点：探测制导与控制技术、生物医学工程

江苏省品牌专业：电气工程及其自动化

江苏省实验教学示范中心：电机与电力电子实验教学示范中心（2007年）

截至2016年6月，学院先后获得国家级教学成果奖6项、江苏省普通高等学校优秀教学成果16项。

据2020年2月学院官网显示，学院五年来共培养本科毕业生3576人、硕士毕业生1837人、博士毕业生156人，向国防系统输送毕业生1100余人。自2010年以来，学生在省级以上各类学科和课外学术科技竞赛中共获得120多项奖励；先后有3人获得全国优博论文提名奖，1人获得国防科技工业百名优秀博士称号，3人被评为国防科工委优秀博士毕业生，获江苏省优秀博士论文7篇、江苏省优秀硕士论文12篇；获得10个江苏省先进班级、10位江苏省三好学生和10名江苏省优秀学生干部，2位江苏省优秀共青团员等。

据2020年2月学院官网显示，学院设有飞行控制研究所；拥有4个部级重点实验室，2个教育部工程中心，2个江苏省重点实验室，1个国防科工局国防科技创新团队，2个江苏高等学校优秀科技创新团队。

航空科技重点实验室：航空电源实验室（1997年）

工业和信息化部重点实验室：先进飞行器导航、控制与健康管理工信部重点实验室，多电飞机电气系统工信部重点实验室等

教育部工程研究中心：航空航天电源技术教育部工程研究中心（2007年）、飞行器自主控制技术教育部工程研究中心（2008年）

江苏省重点实验室：江苏省新能源发电与电能变换重点实验室（2010年）、江苏省数字化医疗设备与技术重点实验室（2007年）

国防科工局国防科技创新团队：“航空电源技术”科研团队

江苏高等学校优秀科技创新团队：“飞行器智能导航、控制与健康管理”科技团队、“新能源发电与电能变换”科创团队

据2020年2月学院官网显示，学院近五年国家自然基金获批103项，其中2014年在控制领域获批国家自然科学基金重大项目子项目1项，2015年获批国家自然科学基金杰出青年基金1项、控制领域国家自然科学基金重点项目2项；获批教育部自然科学奖一等奖2项，二等奖1项、教育部技术发明奖二等奖1项；获批国防技术发明奖二等奖1项、三等奖1项；国防科技进步奖二等奖3项、三等奖1项；自2013年以来，科研到款稳定在8000万/年的水平，四年总额达到3.2亿元。

2000年至2018年，学院获得国家级共5项，省部级二等奖以上共45项。

据2020年2月学院官网显示，学院大型设备共享清单如下表所示：

自动化学院团委、学生会是在院党委领导和院团委指导下的全院本科生的群众性联合自治组织。团委设主席团，下设新闻中心（由新媒体网络组、新闻采编组、摄影组组成）、实践部、组织部、宣传部；学生会设主席团，下设秘书部、学习部、生活部、体育部、文艺部、信息调研部。

学院拥有“紫冬花资讯”、“紫冬花体育”、“紫冬花信小妍”服务平台，在负责传播信息的同时，为同学提供生活与学习上的服务。

自动化学院大学生科学与技术协会创建于2011年，是自动化学院组织科创赛事及培训，引领科创思潮的大学生群众学生组织，主要负责承办“中航津电杯”电子电路设计竞赛、最美电路创意焊接大赛，开设了一系列科创方面的培训，在公众号上开设了“周一课堂”、“科创‘星’风采”等栏目进行线上科普。

自动化学院青年志愿者协会成立于2010年，与校内外公益志愿组织合作，开展系列志愿活动，如“敬老院活动”、“图书馆志愿活动”。

据2020年2月学院官网显示，学院组织有“挑战杯”全国大学生系列科技学术竞赛、电子电路设计竞赛、数学建模、节能减排社会实践科技竞赛、南航PLD电子系统设计大赛、南航“TI”杯嵌入式系统设计竞赛、“恩智浦杯”智能汽车竞赛、大学生数学竞赛等科技竞赛活动。