研究院现设四个部门：研究部、办公室、事业部和《产业经济研究》杂志编辑部。现有正式工作人员9人。博士学位获得者5人，其中教授1名、副教授1名、讲师三名，均毕业于国家985工程大学。同时，研究院聘请了多位著名经济学家担任兼职研究员，有效提高了研究院的科研水平。

研究院设有区域经济学硕士点，招收和培养区域经济发展与区域产业政策研究、区域市场与区际商品流通研究和区域经济发展模式研究三个方向的硕士研究生。

近年来，研究院先后独立或合作完成一批国家、省部级研究课题，同时还广泛与各级政府部门企事业单位合作，承担完成多项横向研究课题。由南京财经大学主办、研究院主编的《产业经济研究》入选CSSCI目录。此外，研究院从2006年起，连续五年编写《江苏产业发展报告》，引起了广泛的社会反响。