前身是1953年1月10日成立的总高级步兵学校。1959年2月与军事学院合并。1978年1月，以南京军区军政干部学校为基础，改编为南京高级步兵学校。编制等级为兵团级，隶属中央军委。1980年12月改称南京高级陆军学校。1986年6月改称陆军指挥学院。张荣森、萧剑飞、袁俊、周村、贾启玉、陈炳德、张进宝先后任校（院）长；丁秋生、诸敏、张明远、宋双来、丁玉才、张海天先后任政治委员。1999年9月，改称南京陆军指挥学院。设有训练部、政治部、院务部、科研部（1986年撤销），下设9个学员队，并招收研究生。训练部领导军事理论、合同战术、司令部工作、军兵种、哲学政经、科学社会主义、党史政工、训练模拟、电化教学和外训等教研室。1992年，按照中央军委决定，试行设置了教务部、政治部、教保处、军务处、总务处和科研所。下辖基础部和一、二、三、外训系，分别领导12个教研室、1个电教中心、12个学员队、1个研究生队、2个外训队。基本任务是培养陆军合成军队中级军事、政治指挥军官，人武部和军事学术研究人员，同时收训外国军队旅以下军官。设有合同战术、司令部工作、人民武装工作和军队政治工作等专业，学制2年。另设军事学研究生班，学制3年。1984年起，开办合同战术专业函授，学制3年。开设的主要课程有：军事思想与战争史、军事地理、军事教育学、军队管理学、军兵种战术、外军研究、合同军队司令部工作、后方勤务、合同战术、合成军队指挥学、战役学概论、马克思主义哲学、政治经济学、中国社会主义建设、中共党史、军队政治工作和法学概论。电化教学中心设备齐全，电子计算机合同战术模拟系统可供学员进行师、团两级首长、司令部对抗演习；室内模拟野战指挥所，为学员提供近似实战的演练环境。建有教学管理中心，使用电子计算机和多种视听设备实施教学管理。图书馆藏书45万册，并设有先进的视听和微缩设备。