1597年，日本撕毁停战协议，发动第二次侵朝战争。丰臣秀吉下达了攻略全罗道的命令。明军则由麻贵守汉阳、陈愚衷守全州、吴惟忠守忠州、茅国器守星州，试图用钳形攻势包围日军的物资中转站釜山。在8月27日（七月十五）的漆川梁海战中，朝鲜水军遭到日军伏击而大败，几乎全军覆没；日军便开始分水陆两栖进攻全罗道，宇喜多秀家五万六千人的大军直指南原城；毛利秀元率军攻打黄石山城。

南原城内共有杨元率领的明军骑兵三千人；朝鲜方面，则由全罗兵使李福男、南原府使任铉、助防将金敬老、光阳县监李春元、唐将接伴使郑期远等召集了一千名朝鲜兵一起守卫。杨元到达南原城后便加强了城池的防御，挖掘一二丈深的护城河，并在城门安放了三门大炮。

同年9月23日（八月十二日），日军到达南原城下。南原城建于平原之上，日军以宇喜多秀家、藤堂高虎、太田一吉攻南门，小西行长、宗义智、胁坂安治、竹中重利攻西门，加藤嘉明、岛津义弘攻北门，蜂须贺家政、毛利吉成、生驹一正攻东门。日军使用火绳枪攻击城上的守军，明、朝联军也用大炮和箭矢还击。不过由于守军装备落后，处于劣势。守城战更使明军骑兵无法发挥优势。