茅山宗在南宋，共立十五代宗师，这些宗师虽不乏以道术名世，受到朝廷征召赐号，但除蒋宗瑛外，皆无著述传世，在教义的发挥上，较茅山宗鼎盛的隋唐时代已呈衰退之象。南宋时茅山宗在道教中已不居主流地位，这一地位已由龙虎山张天师道所取代。

南宋高宗、孝宗、宁宗、理宗等对张天师道都十分崇奉，除了大修龙虎山上清宫，又优礼天师。尤其是理宗时期，加封张陵为「三天扶教辅元大法师正一靖应显佑真君」，钦定龙虎山为江南符箓道派的统领，主管三山符箓，龙虎山张天师道此取得了统领符箓诸派的显赫地位。

灵宝派

阁皂宗是由灵宝派衍化而来，或者说就是灵宝派进入宋元后的另一名称。灵宝派道士多活动于民间，罕见有受朝廷征召赐封的高道，其影响和地位故不及茅山、龙虎二宗。南宋时，灵宝派在民间影响较大，以江西阁皂山为本山，但传行灵宝法者不仅仅是职业道士。

金丹派

南宗：两宋金元时，道教内丹学空前兴旺，出现了以炼内丹为宗旨的道派，流行于南宋的金丹派南宗是其代表之一。所谓「南宗」，严格地说是内丹的一个学派，师法宗承张伯端《悟真篇》，主张大隐混俗，不倡出家，与全真道不同。南宋时，南宗一派凡四传。第一传陈楠，为张伯端三传弟子。从张到陈，并无教团组织和本派宫观，仅在个别人中以丹诀秘传。第二传白玉蟾，为南宗教团的创建者。张伯端、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾五代，被南宗尊为「南五祖」。第三传有彭耜等。第四传有李道纯等。张伯端之后，南宗在修炼上可分为重内丹传统与重禅道融合两大类，重内丹一类又分清修、双修二派，重禅道融合一类以揉合释道二家的「以心契道」说为理论基础。入元之后，南宗教团力量弱小，合流于全真、正一派而消失。

积极营建宫观

南宋统治者对待道教的态度，和北宋基本一致。由于这时国力羸弱，递受金人和蒙古人的侵袭，为求消灾免难，保国延祚，更寄希望于神灵的护估。故高宗赵构仓皇南渡后，即积极营建宫观，延揽羽流，并常去宫观参拜。他在战败之余，惊魂未定，即在钱塘修建了显庆观以处羽流。1147年（绍兴十七年）又再度重修，并派专人主管教门公事，复赐缗钱，为之置田产以增斋供之费。1127年（建炎元年）五月，在他即位之日，即效法宋真宗下令于江宁府建景灵宫“以奉圣祖及圣祖母”；及定都临安（今杭州）之后，又于十三年二月，在都城修建景灵宫用以奉安累朝神御。次年在杭州西湖修建延祥观以奉四朝真君。1146年（绍兴十六年），高宗下令在全国各地广建报恩光孝观，以奉佑陵神御。十七年十月，诏建太一宫于行在。次年，又增建了明离殿。住宫道士每岁给粮五百斛，其后又诏市嘉兴田三十顷，以为道粮。二十五年，高宗奉皇太后之命，调动军队修复临安洞霄宫，建昊天殿、钟楼、经阁；修建三茅观，并派道士蔡大象专门管理观事。高宗还常亲自召见道流，或赐钱物，或赠封号，或授官爵，或书写道经以赐。他还任命许多大臣为宫观使或宫观提举。这一作法又为南宋诸帝所承袭。孝宗赵眘还以自己的模样作为塑造道教神像的“样板”。据李心传《建炎以来朝野杂志》甲集卷二记载：“佑圣观，孝宗旧邸也……1176年（淳熙三年）建，以奉佑圣真武灵应真君，十二月落成。或曰真武像，盖肖上御容也。”

史书记载

据《宋史·孝宗本纪》载：自佑圣观落成以后，孝宗几乎每年都要前往参拜一次。光宗赵惇在位时间很短，他登极之后，即急忙兴建玉清昭应宫，规模务求宏大，工艺务求精致。宁宗赵扩对道士张道清、包道成、张成果、王景温、张可大等均甚宠爱，他还亲自为显庆观题额，继孝宗之后进一步掀起对真武的崇拜。1209年（嘉定二年），颁布《诰词》以宣扬其神威，并特封为“北极佑圣助顺真武灵应福德真君”。在理宗赵昀当政时，蒙古已统一了北方，并向南方步步逼近，南宋王朝处于“疆土日蹙”、“国势阽危”之中，为了维护赵宋王朝的统治，他在崇尚理学的同时，仿效其前代君主加强崇道措施。其办法也不外乎为一些神仙人物和道派祖师以及死去的重要道士赐赠封号，对于当时健在的一些道派首领，除赐赠封号外，还委以官职，以示崇敬。如1239年（嘉熙三年）召见三十五代天师张大可，命其提举三山符箓兼御前诸宫观教门公事，主领龙翔宫，赐号“观妙先生”。对茅山道士易如刚特赐“妙宝先生”等等，并不顾民穷财匮，继续兴建和扩建宫观。理宗对道书《太上感应篇》特别感兴趣。1233年（绍定六年），在他的授意下，由太乙宫道士胡莹微负责刊印，理宗亲自书写“诸恶莫作，众善奉行”八字列于卷首，并由名儒真德秀代作序和跋，宰相郑清之作赞文，广为传播。后来道教劝善书的兴起，当与此直接有关。

宋末元初的道教

度宗赵禥即位之后，赵宋王朝已面临土崩瓦解之势。而度宗仍在宫中设内道场，为僧道大发度牒。1270年（咸淳六年）八月，蒙古军攻围襄樊甚急，宰臣贾似道仍“日坐葛岭，起楼阁亭榭，作半闲堂，延羽流塑己像其中，取宫人叶氏及倡尼有美色者为妾，日肆淫乐”。①而道士安世通、徐通明、饶松等，则在此危亡关头挺身而出，以捍卫赵宋王朝为己任，置生死于度外，为之奔走呼号，最后甚至不惜以身殉国。他们斥责当时那些屈膝求荣的“士大夫皆酒缸饭囊，不明大义”。②他们的忠义行为自然不免带有时代的局限性，但也反映了道教上层化以后与封建统治者的血肉联系。南宋道教除旧有的龙虎天师、茅山上清、阁皂灵宝等三山符箓之外，其时自称独得异传而别立宗派者甚多，主要有从天师道衍化而来的神霄派，由上清派衍化而来在民间影响较大的清微派，由天师道衍化而来的天心正法派，从灵宝分化而来的东华派和净明派。此外，还有白玉蟾所创的所谓金丹南宗者。入元以后，分别与金真道和正一派相合并。