1950年12月，中共建阳地委、南平地委按照中共中央《关于建立检察机构问题的指示》，分别成立福建省人民检察署建阳专区分署和南平专区分署。

1954年12月15日，根据宪法、人民检察院组织法和最高人民检察院指示，建阳、南平两分署分别更名为福建省人民检察院建阳专区分院和南平专区分院。

1956年6月15日，根据国务院关于撤销建阳专区，所辖各县并入南平专区的决定，建阳分院并入南平分院。

1967年5月，南平地区革命委员会成立，下设人民保卫组，取代公、检、法三机关工作。

1978年10月，中共建阳地委按照中共中央《关于建立检察机关的通知》，成立建阳分院。

1989年1月1日，地区自建阳搬迁南平办公，建阳分院相应更名为南平分院。