交通经济研究所的主要研究领域包括区域交通与物流规划、交通运输产业分析与政策、投资项目经济评价和城市交通经济四大方向。

区域交通与物流规划——主要包括综合运输体系研究、区域交通网络规划、客货场站布局与规划、区域物流系统布局与规划、物流园区规划、物流中心规划等。

交通运输产业分析与政策——主要研究交通运输产业经济分析、服务特性、发展战略、产业组织、产业规制、产业重组、垄断与竞争结构、政府职能和企业行为特征、体制改革、政策评价和政策设计等。

投资项目经济评价——主要涉及项目可行性研究、投资估算、项目投融资决策、项目财务评价、国民经济评价、环境评价、风险分析、项目经济决策、项目后评估、项目管理等多个方面。

城市交通经济——主要包括城市交通经济理论、城市交通供需分析、居民出行行为、城市交通规划方法、公共交通系统、交通需求管理和城市交通可持续发展等方面的问题。