南开大学台湾经济研究所成立于1986年，是祖国大陆高校最早成立的涉台学术研究机构之一，也是祖国大陆最早具有培养台湾经济方向硕士、博士研究生资格的高级人才培养基地。自成立以来，该所秉承南开学术自由之风，以促进海峡两岸经贸与学术交流、推动祖国和平统一为宗旨，对台湾经济、两岸经贸关系和两岸经济比较等领域进行了深入、系统的研究，多次承担国家及省、部级课题，研究成果颇受海峡两岸各界重视，成为两岸经贸研究领域的学术重镇，是中央有关部门的重要咨询机构之一，并连续五次参加国共论坛，推动了两岸关系的改善。

该所在科研、教学及对外交流等方面均取得了突出成绩。在台湾经济及两岸经贸关系的教学、科研方面，该所始终处于领先地位，与南开大学区域经济研究所同属区域经济学科，由于科研及教学成果突出，2002年被评为国家重点学科，2004年被评为国家“985工程”哲学社会科学创新基地，并与海内外学术文化界建立了广泛的学术交流与长期稳定的合作关系。