1987年，组建图书馆视听室。

1990年11月，开展MEDLINE CD-ROM光盘检索业务。

1992年，图书馆成为总后勤部卫生部确立的军队12家二级查新站之一。同年9月，图书馆建立“医学文献资源共享卫星地面站”，与解放军军医学图书馆和第二、三、四军医大学建成空间通信网，实现资源共享。

1994年3月，开始建设图书馆计算机管理集成系统，成立医学情报学教研室。次年，图书馆计算机管理集成系统正式开通。

1998年，图书馆对局域网进行全网升级，建成了光盘文献检索网络，安装了光盘塔，实现了图书馆的联网检索，并建立了30台座的电子阅览室。

2000年，图书馆电子阅览室扩建为81台机并建成了CNKI中国期刊镜像站。

2004年，图书馆相关工作人员开发编制了外文期刊全文数据库统一检索平台、全文在线申请提交系统、读者超期借阅查询系统。同年8月，图书馆随学校整体移交广东省，更名为南方医科大学图书馆。

2006年，图书馆开发了资产登记网上提交系统，承担了全校图书期刊软件类资产登记工作。同年5月，广州校区新图书馆奠基。同年9月，筹备搬迁新馆，开始盘点藏书，修改馆藏地点。

2007年5月，广州校区图书馆新馆正式开馆，新馆采用藏、借、阅一体化，一站式，全开放的的服务模式。同年6月，启动学校研究生学位论文电子版在线提交工作、随书（刊）光盘镜像制作工作。同年9月顺德馆奠基。

2008年7月，对南校区图书馆近13万册藏书进行了资产清查、提出处置方案，并完成向中医药学院移交；同年8到9月，顺德馆对26万册图书进行分类整理、打包；同年11月，顺德馆26万册图书的搬运、分类整理和上架工作完成，开放了1楼报刊阅览室；同年12月，顺德馆正式开馆，启用电子邮件方式人工发送图书预约借阅通知，开展失物招领、违纪登记、研究厢使用登记、复印机使用登记等工作，校园卡图书馆功能正式启用。

2009年7到8月，对广州校区图书馆馆藏54万多册图书进行了清点。同年9月，建立并实施了馆务会议制度，组建了兼职学科参考馆员队伍、建立了图情联络员制度等。同年11月，确定了南方医科大学图书馆馆徽并成立了读书之友协会。同年12月，启动广州地区高校图书馆联盟借阅证、通用阅览证办理工作。

2010年3月，开始设置查找图书单。同年5月，成立图书馆志愿者服务团队。

2011年3月，开展了上海图书馆馆际互借工作，开通图书馆官方微博并发布第一条讯息；同年4月，广州校区图书馆增设临床医学阅览专区；同年6月，图书馆接收香港大学余振强医学图书馆外文原版赠送书刊；同年7月，图书馆全新推出资源整合检索系统；同年9月，《走近图书馆》宣传片投入使用。与广东电视台签订信息资源共建共享合作协议；10月，图书馆增设经典阅读专区、爱心书屋、iPad体验专区。

2012年6月，图书馆自助还书系统正式启用，智能化座位分配的联创电子阅览区管理系统，联创自助打印复印扫描系统，相继投入使用。同年8月，图书馆与台北医学大学图书馆缔结为“姊妹馆”，并签订了正式合作协议。

2013年4月，南方医科大学图书馆微信公众号开通。同年12月，南方医科大学顺德馆获评“广东十大最美图书馆建筑”。

2014年，图书馆完成研讨室的升级改造工程，开设咖啡屋，打造休闲空间，添置休闲沙发、休闲长椅等设施；广州校区图书馆实现了无线网络覆盖，增加了22个无线设备接入点和2000个IP地址；图书馆启动南方医科大学机构知识库和学者库建设工作。

2016年，按照学校图书馆、校史馆、人体科学馆“三馆合一”的整体布局要求，对广州校区图书馆4楼进行了升级改造，设立主阅览区，新增带灯、插座阅览座位680个。同年9月，组织人力将广州校区图书馆中文藏书复本6.5993万册下架到密集书库。

2017年3月，广州校区图书馆4楼主阅览区改造成功并向读者开放使用。同年11到12月，广州校区图书馆2、3楼，顺德馆3、4楼相继装修完成。同年9月，图书馆公众号功能菜单服务台更新完成。

截至2017年10月，图书馆拥有纸质文献246.93万册，电子图书210余万种，电子期刊3.8万种；拥有 SCIE（科学引文索引）、Science、Nature、JAMA（美国医学会杂志）、NEJM（新英格兰医学杂志）、Lancet（柳叶刀），BMJ（英国医学杂志）等世界权威综合医学杂志、各医学学科外文核心期刊、电子图书、实验室指南、临床医师考试题库及手术视频、解剖图谱等数据库共67种；自建了南医院士文库、南医学位论文库、南医专业课程电子教材库、南医机构知识库和学科资源网等， 形成了以生物医学文献为重点，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的馆藏资源体系。

据2020年5月图书馆官网显示，中国生物医学文献服务系统——SinoMed，由中国医学科学院医学信息研究所/图书馆研制，整合了中国生物医学文献数据库（CBM）、中国医学科普文献数据库（CPM）、西文生物医学文献数据库（WBM）、北京协和医学院博硕学位论文库（PUMCD）等多种资源。

中国生物医学文献数据库（CBM）：收录1978年至今中国国内出版的生物医学学术期刊2900余种，其中2019年在版期刊1890余种，文献题录总量1080余万篇。全部题录均进行主题标引、分类标引，同时对作者、作者机构、发表期刊、所涉基金等进行规范化加工处理；2019年起，新增标识2015年以来发表文献的通讯作者，全面整合中文DOI（数字对象唯一标识符）链接信息，以支持文献发现与全文在线获取。

中国医学科普文献数据库（CPM）：收录1989年以来近百种国内出版的医学科普期刊，文献总量达43万余篇，重点突显养生保健、心理健康、生殖健康、运动健身、医学美容、婚姻家庭、食品营养等与医学健康有关的内容。

西文生物医学文献数据库（WBM）：收录世界各国出版的生物医学期刊文献题录2900余万篇，其中协和馆藏期刊6300余种，免费期刊2600余种；年代跨度大，部分期刊可回溯至创刊年。

北京协和医学院博硕学位论文库（PUMCD）：收录1981年以来北京协和医学院培养的博士、硕士学位论文全文，涉及医学、药学各专业领域及其他相关专业。

据2020年5月图书馆官网显示，千年医典——域外中医古籍丛书库主要包括《域外中医古籍丛书》中2376种书，60万余页的影像版。

《域外中医古籍丛书》由日本和中国专家学者对流存于日本或撰写于日本的中医古籍进行系统整理而成，内容包括日本现存的所有中医古籍。版本有来自中国的古医书，宋、元、明、清历代刻本、抄本，日本历代和刻本，日本翻刻的中医善本医籍，和刻汉文夹刻日文假名中医典籍，亦有日人撰著注释中医经典、阐发医理、记述临证心得的文集等。

据2020年5月图书馆官网显示，《中国生物志库》目前包括《中国植物志库》和《中国动物志库》，以正式出版的《中国植物志》《中国植物志（英文版）》《中国动物志》为基础资源，数据库包含的10万余个物种信息。数据库将来自于志书的物种信息按照多分类体系兼容的内容组织方式进行归类、建立索引，提供包括联想提示、同义关联、多级筛选的物种信息智能检索功能和多类型信息展示界面，基于物种数据建立了形象的可视化呈现方式。

据2020年5月图书馆官网显示，中华数字书苑以数据库方式收录了约150万册电子图书可供全文检索、在线试读，80万册可供全文下载；约500种全国各级各类报纸；35万种艺术类、设计类、建筑类等珍贵图片， 约1800多种2500多册工具书；此外，方正知库模块下设全宋文产品，收录两宋320年间10余万篇各种体例文章。

据2020年5月图书馆官网显示，中国社会科学文库整合了包括中国社会科学院学部委员文集、学者文选，剑桥史系列、中国社会科学博士文库、博士后文库以及哲学社会科学各类著作（集）、文丛、论丛、文集、发展报告、教材等学术成果，其中包含国家社科基金重点成果、后期资助项目、教育部人文社会科学重点成果、中国社会科学院创新工程项目成果1000余种著作。该文库包含社科类图书8000多种，知识点条目50多万条，论文近10万篇，图片图表54万幅。

截至2019年10月，图书馆通过数字图书馆、移动图书馆以及VPN远程访问等服务，提供校内外用户馆藏资源；通过“教育部科技查新工作站”的建设，满足校内外科研人员的科研立项、科技成果查新、代查代检、文献传递、论文重复率检测和论文润色等情报需求；通过国际书刊交换工作，保障台湾和日本出版期刊的馆藏内容建设；通过与中国高等教育文献保障系统（CALIS）、CALIS全国医学文献资源共建共知共享网、上海图书馆等单位建立文献服务联系，实现馆藏资源的共建共享。

截至2019年10月，图书馆有工作人员39人；馆领导2人，其中馆长兼党支部书记1人，副馆长1人。

截至2019年10月，图书馆开设有《医学信息获取与管理》课程，包含医学文献检索原理、方法等内容。通过该课程的学习，学生可以了解医学文献类型、信息检索的基本原理，熟悉常用医学数据库类型及使用方法，能以问题和课题为出发点，利用各种数据库与网络免费资源，搜索与课题相关的研究资料，并能对收集到的资料进行综合评估分析。《医学信息获取与管理》先后获得广东省精品资源共享课程、广东省研究生示范课程、广东省特色教育教学改革、广东省高等教育研究和改革等项目建设。

2004年，图书馆参与了卫生部规划教材《医学信息检索》（专科用）以及《医学图书馆理论与实践》的编写工作。

截至2019年10月，图书馆建设有南医院士文库、南医学位论文库、南医专业课程电子教材库、南医机构知识库和学科资源网等。

2004年以来，图书馆累积发表教学和科研论文逾百篇，并在英国《Library Review》上发表“Finding the Evidence for Therapeutic PICO Questions on Four Electronic Resources ”一文，实现了图书馆国际论文发表零的突破；部分研究成果获得了学校及省部级的奖励，如：

2006年，《生物医学搜索引擎与网络信息资源建设》获第三届全国教育科学优秀研究成果三等奖；《生物医学搜索引擎的比较评价与开发利用》获广东省科学技术奖三等奖。

南方医科大学图书馆主持了多项科研项目的建设：

广东省“211”工程三期公共服务体系建设项目、广东省教育科研“十一五”规划项目、广东省高等学校继续教育体系建设项目、广东省科技计划项目、广东省自然科学基金博士启动项目、广东省医学科研基金课题、863项目子课题、省卫生厅项目、省教育厅项目、教育部科技发展中心科技论文快线项目、卫生部留学人员基金项目以及省高校现代教育技术“151”工程项目的研究，获得进校研究经费600余万元。

校史馆位于广州校区图书馆图书馆五楼，占地面积2000余平米，由序厅、历史厅、现代厅、人物厅、南医文库等内容组成。

序厅：展示学校的校训、大学精神、发展目标、人才定位和教风学风。

历史厅：展示学校自创建以来三大历史发展阶段（专科学校时期1951年-1957年、普通高校时期1958年-1978年、重点高校时期1979年至今）的重大历史事件。

现代厅：展示学校在多个方面取得的重要成就，包括教学工作、学科建设、科学研究、国际交流、成果转化、文化建设、思政党建、学生工作以及服务社会等方面。

人物厅：展示以钟世镇、姚开泰、侯凡凡三位院士为代表的学校高端学者以及原军队三级以上专家教授、建校之初的筹建专家以及荣誉校友、服务社会的先进人物典型。

医疗厅：展示学校直属附属医院发展和建设以及参与社会重大事件救治的情况。

南医文库：展示了学校师生发表国际论文与出版专著、教材等情况，展示建校以来历代师生员工的学术历程和专业学术成果。

图书馆借阅证包括：有效的南方医科大学校园卡、图书馆发放的有效期限内的各类借阅证。