新疆地域辽阔，面积占全国的六分之一，为航空运输业发展提供了广阔空间。1955年，中国民用航空乌鲁木齐管理处成立，标志着新中国民航事业在新疆起步。1959年到1984年，经历了民航新疆维吾尔自治区管理局时期。1985年，中国民用航空乌鲁木齐管理局、新疆航空公司成立，实行政企合一体制。2001年12月，根据中国民航体制改革要求，新疆航空公司与民航乌鲁木齐管理局分立，成为独立运作的市场主体。2002年10月11日，新疆航空公司加入中国南方航空集团公司。2004年10月，新疆公司注入南航股份实现一体化运行。

50多年来，南航新疆分公司始终坚持“为新疆经济建设服务”、“为新疆各族人民服务”的宗旨，把安全飞行和优质服务作为实现腾飞的双翼，铸造了“艰苦奋斗、团结奉献”的企业精神和“能吃苦、肯奉献、善打硬仗”的优良传统，拥有一支作风扎实、技术过硬的员工队伍。2006年12月31日实现运输飞行安全52周年，创造了全国最高运输飞行安全记录。1999年公司9101/2航班、乌鲁木齐售票处共同跻身“全国文明窗口500强”之列，被中国民航总局授予“文明航班”、“文明售票处”的称号；2001年荣获国家经贸委颁发的安全生产“安康杯”；2001年公司荣获“全国思想政治工作先进企业”和“新疆维吾尔自治区文明企业”称号；2004年5月荣获“开发建设新疆奖状”；2006年5月公司顺利通过了ISO9001质量管理体系的换证复审。时至今日，南航新疆分公司拥有世界上最为先进、安全、舒适的客机50余架，其中B737客机20余架，B757客机13架均已退役，E-190客机10架均已退役，B777客机4架均已退役，B787客机5架，ATR72客机5架均已退役，在册飞机座位数6000多个；拥有中国西北地区“第一跨”101机库。