1997年，南昌站第三代站房完工并开通运营。

2005年10月21日，南昌站广场改造工程正式动工。

2007年1月28日，南昌站西广场改造完工，西广场站前建造了车站地标世界球。

2015年3月25日，南昌站正式启动新建东站房的改造工程。

2015年12月底，南昌站东站房主体施工完成。

2015年12月28日，南昌站东站房临时启用。

2016年1月10日，南昌站东站出发层到达层和站台层启用，东侧大厅并未启用。

2016年5月31日8点30分起，南昌站东站房进、出站口以及简易的东广场正式启用；西站房进、出站口封闭改造，仅办理南昌-九江方向动车组的进、出站外。

2017年1月5日，南昌站西站房启用，东西站房相互连通，标志着南昌站站改工作基本完成。但由于西进站口尚未完成，除昌九城际列车外其他列车仍需从东站房进站。

2017年1月22日上午8时，南昌站西进站大厅重新启用。

2018年7月20日，随着南昌铁路枢纽横岗联络线开通启用，南昌站首次开行G字头动车。

2020年12月8日，中国铁路消费扶贫柜在南昌站站正式投放使用。扶贫柜货架陈列着满满的扶贫产品。

南昌站西广场位于火车站大楼西侧，西与站前路、洛阳路相连，南北被二七路贯穿，西广场按平面布置，分为地面、地下两层；出站广场中央设计“世界球”，其设计主题为“故乡水、世界情，“世界球”由直径20米，由300块玻璃拼接而成，安装了700多盏冷光源灯，西侧设有水幕墙等景观建筑，向南北伸展的6米宽、160米长的透明玻璃顶长廊为轴线相连，既满足地下人流采光，又便于地下景观处理。南昌站东广场位于南昌站京九线东侧，东临洪都南大道，北靠洛阳路，东广场将出站通道、洛阳路下穿工程与西广场实行连接，分流西广场的交通流量，减少西广场的交通压力。

截至2017年1月，南昌站总建筑面积7.1万平方米，其中西站房总面积5.2万平方米；东站房总面积约1.9万平方米，总长度220米，总宽度50米；候车室总面积为17784平方米，可容纳1.5万名的旅客候车室，候车室长度220米，总宽度50米。

南昌站结构共分地下一层和地面二层，地下一层是出站通道，地面一层是基本站台，二层是高架候车区。高架候车区采用开放式候车、分方向、闸机检票作业模式。东站房高架候车室定为车站第5候车室，总面积约5300平方米，可容纳约4900名旅客同时候车，候车室内有4个匝道口共20台验票闸机。站台均为1.25米高度的高站台，宽度分别为9.5米、12米，上方雨棚为无站台柱雨棚，即站台上无雨棚柱，方便旅客行走，雨棚总面积约为4.97万平方米，结构形式为空间倒三角钢桁架结构，既有透空采光，又能利于扩散列车行驶噪音。旅客出站地道宽14米，满足旅客集中到达出站需求。

候车室位于站房二层，横跨站场股道，采取高进低出的进出站模式。从车站东西两侧广场均可以进站，其中东站房一层设有10号检票口，检票后可通往10号站台。二层从西往东的南北两侧各设有1，2-3，4-5，6-7，8-9共5个检票口，其中站房南侧的五个检票口前标有A，北侧为B。两侧检票口的验票闸机后均设有行人通道，行人通道设有楼梯和扶梯连接1-9站台，南侧的通道还设有升降电梯。此外，B1检票口还可连接位于1站台以北的11-13站台。

南昌站西广场按平面布置，分为地面、地下两层。地面层由进站客流广场、售票广场、行包广场、南北各一个公交枢纽站、人行出口、车行出口通道及环广场道路等组成；地下层由中央下北侧面下沉式出站广场、南北两侧分别布置社会停车场和出租车客区及功能房等组成。

南昌站东广场在铁路东侧设有一个两层的站房，二层连接进站通道到站台，地下层连接出站通道到各种车辆停车场。站房配建售票处、小件行李寄存处和零售商业设施。

截至2017年1月，南昌站站场规模为7台16线。其中，东西站房之间设有13条股道，6个站台。其中包括2个侧式站台，4个岛式站台，编号为1-10号站台。1-10号站台上方是无站台柱钢结构雨棚。此外，在一站台北侧设有昌九城际铁路列车的始发站台，编号为11-13号站台，为港湾式站台，站台上设有站台柱雨棚。

2022年1月，开办“铁路e卡通”业务。

截至2018年2月，南昌站设置有53台自动取（售）票机，分布在西售票处的自助取票专区和东售票处，自动取（售）票机均支持微信支付等多元支付方式。此外，南昌站还在售票大厅、候车室内张贴余票查询二维码，旅客通过扫描二维码，便可查询实时余票等信息。

南昌站设有“红土情”服务台，服务台设在高架候车室中间区域，除了解答问讯、重点旅客服务、受理投诉、失物招领等传统服务项目外，还提供改签及取换票业务。

南昌站候车室内共设4处手机加油站，总共320个充电口，为旅客提供服务。

南昌站提供办理临时身份证明的服务，公安制证口设置在车站售票大厅和候车大棚内。

2013年“五一”小长假，南昌火车站现客流高峰，同比增长11.4%，其中4月29日，发送旅客11.6万人。

2017年9月30日，南昌站单日旅客发送量达到19.28万人次。

2017年10月1日，南昌站单日旅客发送量达到16.19万人次。

南昌地铁2号线已于2019年6月30日全线开通，设南昌火车站地铁站紧靠火车站建设中的东站房北侧地下，将连接高铁南昌西站和普铁南昌站，并且能通达八一广场、秋水广场和前湖大学城，是连接南昌城西和城东的一条主要的轨道交通干道。

南昌站的西广场、东广场地面上各有多个集中的公交车站，乘坐公共汽车的乘客可在公交车站候车。

南昌公交2路、南昌公交208路、南昌公交216路、南昌公交726路、南昌公交861路、。

南昌公交11路、南昌公交22路、南昌公交52路、南昌高铁巴士1线。

南昌公交5路、南昌公交10路、南昌公交169路、南昌公交221路、南昌公交232路、南昌机场公交1线。

南昌公交29路、南昌公交89路、南昌公交210路、南昌公交255路

南昌公交18路内线、南昌公交18路外线、南昌公交27路。

南昌公交21路、南昌公交231路、南昌公交232路、南昌公交263路。

南昌公交2路、南昌公交21路、南昌公交231路、南昌公交263路。

南昌站西广场的出站大厅南北两侧各有一个出租车停车区，旅客可以从这里乘坐出租车。西广场地下空间分的士站南区和的士站北区，两区互不相通；北区需要从站前路向东驶入，驶出只能从站前路往西走到天佑路在拐弯；南区只能从广场南侧的二七南路驶入驶出。

南昌站进一步强化了南昌交通枢纽的地位，与南昌地铁线路无缝对接，主要为动车、普速列车旅客提供服务，形成长三角、珠三角及国内完善快速、便捷的客运网。（中国江西网评）