南沙客运港站外包全长393.7米，标准段宽32.8米，站台宽11米。基坑开挖深度为24.3米，标准段基坑深度为24.3米，盾构井段基坑深度为29.1米，标准段结构外包尺寸为32.8×24.3米，车站顶部覆土约3米。主体建筑面积为24486平方米，附属建筑面为7111平方米预留开发面积820平方米，总建筑面积32417平方米。

南沙客运港站全站呈现出海洋的深蓝色，具有视觉冲击力，其“一带一路”的主题重现了广州海上丝绸之路的历史盛景，该站似乎沉浸在“蔚蓝大海”中，整个站采用海水蓝作为主色调，柱子则采用光亮处理的设计放射到四周，全站铺设玻利维亚蓝花岗岩艺术石材地板，天花做镜面处理，让人仿如置身通透的大海。该站全面融入海洋、宝船、海鸥等文化元素进行设计，从出入口通道进入到站厅，使乘客感受到梦幻的气息，通过螺旋连续的造型烘托，给乘客带来一场“梦幻旅程”。进入站厅后，整个站厅呈现出蓝色，抬头随处可见海鸥状灯具，使得整个车站具有独特的视觉冲击力。

南沙客运港站主体结构为现浇钢筋混凝土地下三层多跨的侧式车站，地下共有3层，地下一层为站厅层；地下二层为设备层和预留15号线站台，以及来往站厅及4号线月台的缓冲平台；地下三层为4号线站台层，站后设折返线。车站为整体式钢筋混凝土矩形结构。

南沙客运港站途经线路为广州地铁4号线，4号线站台位于地下三层，与远期规划15号线垂直相交进行换乘。

据2021年12月广州地铁官网显示，南沙客运港站运营时间如下表：

据2021年12月广州地铁官网显示，南沙客运港站服务设施如下表：

截至2017年12月，南沙客运港站安排工作人员主动向乘客介绍各条新线的情况，派发地铁宣传小册子，增强乘客对新线的了解，并配备针线包、便民药箱、地图等供乘客应急使用。

据2021年12月广州地铁官网显示，南沙客运港站交通换乘如下表：

据2021年12月综合显示，南沙客运港共有南沙客运港往返桂山岛/外伶仃岛航线、南沙客运港往返深圳机场码头航线、南沙往返香港国际机场航线。

由于南沙客运港站基坑开挖较深，地质条件差，地下水位高，周边建筑物距离较近（距离基坑最近处为25米），靠近科技大道南侧有雨水箱涵、燃气、电力等各种市政管线；基坑开挖范围内80%的土质均为淤泥质软土地层，饱和含水率达到80%以上，机械设备进入困难，施工生产难以正常展开。为此，施工方将原方案的普通降水井改为真空降水井，以改善地基承载力。同时还采取土体改良的施工措施，在进行基底加固时，对底板以上的淤泥也进行了改良，其效果明显，提高开挖速度。

在站厅正中央，设置一艘巨大的郑和宝船造型装置，船身嵌入20台自动售票机，打造出富有“海上丝绸之路”的意境。

广州地铁15号线规划在南沙客运港站设站，与广州地铁4号线换乘。南沙客运港站在建设之时同时预留了一组岛式月台供15号线使用。

2019年，计划在兴沙路下方设置一条连接邮轮母港和地铁4号线“南沙客运港站”的地下通道，解决人行接驳问题。